Question

这个问题是对this question的跟进。考虑以下示例

set.seed(1)
x <- cumsum(rnorm(10))
y <- stats::arima(x, order = c(1, 0, 0))
length(stats::fitted(y))
[1] 0

到目前为止很好：由于R现在不对类stats::fitted的对象使用Arima，所以返回零。

接下来，在我的代码中，我需要forecast包中的一个函数。我没有附加包装，只是使用::表示法加载。在下面的代码中，我将直接使用requireNamespace加载它。

requireNamespace("forecast", quietly = TRUE)
length(stats::fitted(y))
[1] 10

突然之间，同一命令返回了不同的结果。我了解为什么会发生这种情况（希望我说的没错）：通过加载forecast包，将通用函数fitted（即fitted.Arima）的新方法加载到名称空间中结果不同。

对我来说，这种行为很烦人：是否可以选择fitted的特定方法？我读过this chapter，但不知道如何解决此问题。

我还尝试从名称空间中卸载forecast包，但没有成功：

unloadNamespace("forecast")
length(stats::fitted(y))
[1] 10

似乎一旦加载了软件包，就无法使用旧的方法fitted。我想知道如何处理这些情况。

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我在unloadNamespace("forecast")之后的评论中指出

isNamespaceLoaded("forecast")
[1] FALSE

但是methods仍然包含fitted.Arima。

Answer 1

我从R devel找到了this thread。 R Core的Brian Ripley说：

卸载名称空间不会取消注册其方法（并且注册没有堆栈，所以R不可能知道那里有什么之前）。

然后线程注意到?unloadNamespace将您指向?detach：

请参阅帮助中的注释以分离有关以下方面的问题卸载和重新加载名称空间。

最终会说出以下内容（强调我的意思）

如果程序包具有名称空间，则在默认情况下不会卸载它命名空间（甚至可能没有使用unload = TRUE），并分离通常不会卸载任何动态加载的已编译代码（DLL）。此外，从名称空间注册的 S3方法将不会已删除。

因此，我的理解是，在加载名称空间（例如，通过使用::）时，会注册S3方法，这些方法从不链接到它们从其加载的名称空间，因此，卸载名称空间也无法取消注册方法。从methods()清除它们的唯一方法是重新启动R。

与RolandASc noted一样，如果要避免调度到stats:::fitted.default，则可以选择使用fitted.Arima来调用默认方法。

Answer 2

@Calum您完全正确地指出，卸载名称空间不会删除为另一个包中定义的S3泛型注册的S3方法。如果您有兴趣，这里更详细地介绍了这种情况以及原因。

加载预测程序包时，它定义的所有方法都“注册”在各种不同名称空间的数据库中。遵循的规则R是方法在定义其S3泛型的包的名称空间中注册。由于fitted()泛型是在 stats 中定义的，因此在称为.__S3MethodsTable__.的环境中，这就是 forecast 定义的新方法的注册地。卸下或卸载预测会使 stats 程序包保持不变（如果考虑的话，可能是一个整体明智的设计决定），不幸的是，fitted.Arima方法（以及许多其他）保持在其.__S3MethodsTable__中的注册。

要确认是这样，请查看以下内容：

isNamespaceLoaded("forecast")
## [1] FALSE
ls(stats:::.__S3MethodsTable__., pattern = "fitted")
## [1] "fitted.default"       "fitted.isoreg"        "fitted.kmeans"       
## [4] "fitted.nls"           "fitted.smooth.spline"

## Loading the forecast namespace registers new 'fitted' methods ...
requireNamespace("forecast", quietly = TRUE)
isNamespaceLoaded("forecast")
## [1] TRUE
ls(stats:::.__S3MethodsTable__., pattern = "fitted")
##  [1] "fitted.ar"              "fitted.Arima"           "fitted.arma"           
##  [4] "fitted.bats"            "fitted.default"         "fitted.ets"            
##  [7] "fitted.fracdiff"        "fitted.garch"           "fitted.gls"            
## [10] "fitted.glsStruct"       "fitted.gnls"            "fitted.gnlsStruct"     
## [13] "fitted.isoreg"          "fitted.kmeans"          "fitted.lagwalk"        
## [16] "fitted.lme"             "fitted.lmeStruct"       "fitted.lmList"         
## [19] "fitted.modelAR"         "fitted.nlmeStruct"      "fitted.nls"            
## [22] "fitted.nnetar"          "fitted.quantmod"        "fitted.smooth.spline"  
## [25] "fitted.tbats"           "fitted.tslm"            "fitted.values.quantmod"

## ... which are left behind even when the forecast namespace is unloaded
unloadNamespace("forecast")
isNamespaceLoaded("forecast")
## [1] FALSE
ls(stats:::.__S3MethodsTable__., pattern = "fitted")
##  [1] "fitted.ar"              "fitted.Arima"           "fitted.arma"           
##  [4] "fitted.bats"            "fitted.default"         "fitted.ets"            
##  [7] "fitted.fracdiff"        "fitted.garch"           "fitted.gls"            
## [10] "fitted.glsStruct"       "fitted.gnls"            "fitted.gnlsStruct"     
## [13] "fitted.isoreg"          "fitted.kmeans"          "fitted.lagwalk"        
## [16] "fitted.lme"             "fitted.lmeStruct"       "fitted.lmList"         
## [19] "fitted.modelAR"         "fitted.nlmeStruct"      "fitted.nls"            
## [22] "fitted.nnetar"          "fitted.quantmod"        "fitted.smooth.spline"  
## [25] "fitted.tbats"           "fitted.tslm"            "fitted.values.quantmod"

（有关问题和解答，see here。）

R中的命名空间和通用函数

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2 个答案: