将GSL库链接到Matlab MEX时如何解决“未知类型名称”错误

时间:2019-03-26 16:52:59

标签: c matlab mex gsl

我目前正在尝试优化我在MATLAB(版本R2019a)中正在处理的某些代码。为了计算我的结果,MATLAB必须多次计算某个函数,从而减慢了一切。因此,我认为用C编写此函数并将其导入MATLAB可以大大加快处理速度。不幸的是,我尝试使用MEX将C代码编译到MATLAB中时遇到了一些麻烦。

我以前使用过C,但肯定不是专家。无论如何,我已经在C语言中测试了代码并且可以正常工作,问题出在试图在MATLAB中编译代码。我正在使用GNU科学库(GSL),因此应该包括在MATLAB中使用MEX进行编译的库。

以下是导致相同问题和错误的最小工作示例。 C代码看起来像这样,保存在MWE.c

#include "mex.h" // The mex library
#include <gsl/gsl_sf_bessel.h> // GSL function

// Define some function, in my case this is somewhat more complicated
double bessel_fun (double *x)
{
    return gsl_sf_bessel_J0 (*x);
}

// MEX function needed for compiling in MATLAB
void mexFunction( int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])
{
    //declare variables
    mxArray *x_M, *y_M;
    double *x, *y;

    //associate inputs
    x_M = mxDuplicateArray(prhs[0]);

    //associate outputs
    y_M = plhs[0] = mxCreateDoubleMatrix(1,1,mxREAL);

    // Access variables
    x = mxGetPr(x_M);
    y = mxGetPr(y_M);

    // Save the result in the output variable
    y[0]=bessel_fun(x);
}

然后我在MATLAB中使用

进行编译
    mex -IC:/MinGW/include -LC:/MinGW/lib -lgsl -lgslcblas MWE.c

MATLAB返回很多错误,而不是进行编译(如果我使用不带任何库的C代码 则可以工作),MATLAB会返回很多错误,如下所示:

Error using mex
In file included from
C:/ProgramData/MATLAB/SupportPackages/R2019a/3P.instrset/mingw_w64.instrset/x86_64-w64-mingw32/include/stddef.h:7:0,
                 from
C:/ProgramData/MATLAB/SupportPackages/R2019a/3P.instrset/mingw_w64.instrset/lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/6.3.0/include/stddef.h:1,
                 from C:\MinGW\include/stdio.h:68,
                 from C:\Program Files\MATLAB\R2019a/extern/include/mex.h:38,
                 from C:\userpath\MWE.c:1:
C:/ProgramData/MATLAB/SupportPackages/R2019a/3P.instrset/mingw_w64.instrset/x86_64-w64-mingw32/include/crtdefs.h:35:19:
error: expected '=', ',', ';', 'asm' or '__attribute__' before 'typedef'
 __MINGW_EXTENSION typedef unsigned __int64 size_t;
                   ^~~~~~~
C:/ProgramData/MATLAB/SupportPackages/R2019a/3P.instrset/mingw_w64.instrset/x86_64-w64-mingw32/include/crtdefs.h:45:19:
error: expected '=', ',', ';', 'asm' or '__attribute__' before 'typedef'
 __MINGW_EXTENSION typedef __int64 ssize_t;
                   ^~~~~~~
C:/ProgramData/MATLAB/SupportPackages/R2019a/3P.instrset/mingw_w64.instrset/x86_64-w64-mingw32/include/crtdefs.h:52:9:
error: unknown type name 'size_t'
 typedef size_t rsize_t;

[...]

,不同类型名称上的相同错误。

有人在使用MATLAB中的MEX进行编译时有一个想法,如何正确地包含这些库吗?

1 个答案:

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Gotcha。您可以尝试以下方法吗?

mex -U__MINGW_EXTENSION -IC:/MinGW/include -LC:/MinGW/lib -lgsl -lgslcblas MWE.c