在保留数据类型的同时导出熊猫数据框的格式是什么?不是CSV; Sqlite?实木复合地板?

时间:2019-03-25 17:27:29

标签: python pandas parquet feather

我的工作流程通常涉及将一些数据(通常是CSV文件中的数据)加载到pandas数据框中,进行清理,定义每列的正确数据类型,然后将其导出到SQL Server。

对于这些情况当没有SQL Server时,有什么好的替代方法来存储每一列的清除数据和数据类型的显式定义?

  • 我测试过的唯一真正的解决方案是导出到sqlite .db 文件,使用答案here来确保将日期读为 日期。
  • 羽毛,HDF5和镶木地板如何?熊猫supports them,但我对这些格式了解不多。不建议我长期阅读羽毛(因为API可能会更改?不清楚)

  • 我不确定是否要使用泡菜:我知道这不是一种安全的格式,并且API不断变化并向后破坏 兼容性

  • CSV并不是真正的选择,因为推断数据的数据类型通常是一场噩梦;在将数据读回大熊猫时,我需要明确声明格式,包括日期格式,否则:

    • 熊猫可以创建列,其中一行为dd-mm-yyyy,另一行为mm-dd-yyyy(请参见here)。加
    • 我有许多文本列,其中前10k行似乎是数字,而后100行是文本,因此大多数软件会推断该列是数字,然后导入失败。 也许我需要创建一个函数来导出带有所有数据类型定义,日期格式等的辅助文件?可行但麻烦

更新:根据HDF5最快的格式,这是一个有趣的比较:https://medium.com/@bobhaffner/gist-to-medium-test-db3d51b8ba7b

我似乎理解HDF5和Parquet之间的另一个区别是datetime64在Hdf5中没有直接等效项。大多数人似乎将其日期以ISO日期格式的(yyyy-mm-dd)字符串存储在HDF5中。

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

如果您真的想避免泡菜并保存CSV(我不完全同意您关于那些不可行选项的声明),则可以运行本地数据库服务器以将数据保存在其中并进行转储/恢复SQL Server再次可用时进行处理。否则:

使用DataFrame对象的to_pickle方法。

或者,将数据类型的json文件与您的数据类型一起保存,并在保存CSV时指定日期格式:

# export
import json
data_types = df.dtypes.astype(str).to_dict()
with open('data_type_key.json', 'w') as f
    json.dump(data_types, f)
df.to_csv('data.csv', date_format='%Y%m%d')

# import
data_types = json.loads('data_type_key.json')
data_frame = pd.read_csv(your_csv_path, dtype=data_types)

答案 1 :(得分:1)

如果您的数据是二维表并且用于Apache Spark之类的Bigdata处理,请使用镶木地板。如前所述,HDF5不适用于处理日期/时间。

如果您的数据具有3个或更多维度,HDF5将是一个不错的选择-特别是对于长期归档,可移植性和共享。

如果性能很重要,Apache Feather最快。