Question

我有几个钙浓度的时间序列数据（野生型（WT）与敲除（KO））。特别是，我为每个样品得到2个峰，并使用第二个峰校准第一个峰，为此，我需要两个峰的AUC。我的目标是将样条函数应用于时间序列数据并计算AUC。

到目前为止，我已使用MESS包和auc()函数并设置了type=spline

时间从0到1801204毫秒以毫秒为单位

df <- data

df
# A tibble: 551 x 7
    Time         KO_1     WT1           KO_2    WT2           KO_3    WT3

 1 29800            87      80            94      99           102      99
 2 30000            77      91            89      89            80     104
 3 31487           264     334           261     147           330     257
 4 31687           352     294           349     176           242     356
 5 31887           341     333           359     260           303     353
 6 32087           349     436           346     250           280     334
 7 32287           328     373           383     321           287     443
 8 32487           382     484           376     323           270     416
 9 32687           437     495           295     317           300     458
10 32887           351     542           387     378           312     422
# ... with 541 more rows


library(MESS)

auc(df$Time, df$WT1, from=min(df$Time, na.rm = TRUE), 
    to = max(df$Time, na.rm = TRUE) ,type = 'spline')

我的预期结果是我得到了WT1的AUC值。但我总是收到错误消息：

integration中的错误（myfunction，lower = from，upper = to）：最大达到的细分数量

Answer 1

错误消息来自integrate中使用的函数MESS::auc。

更确切地说，它来自参数subdivisions（最大子间隔数），默认情况下将其设置为100。但是，在您的情况下，较高的值可能更有意义。

一种快速且简单的修复（但不是非常可持续的方法！）是，将auc函数复制并粘贴到R脚本中，使其适应您的需求（见下文），然后在使用之前先将其来源。

这是它的工作方式：

将auc函数复制+粘贴到R脚本中，并将其另存为mess_auc_adapted.R
将该功能分配为auc（auc <- function...）。
在auc函数中，更改最后一位：

res <- integrate(myfunction, lower = from, upper = to)$value

成为

res <- integrate(myfunction, lower = from, upper = to, ...)$value

然后按以下方式使用auc：

source("mess_auc_adapted.R")

auc(x = df$Time, y = df$WT1, from=min(df$Time, na.rm = TRUE), to = max(df$Time, na.rm = TRUE) ,type = 'spline', subdivisions = WHATEVER_NUMBER_THAT_MAKES_SENSE)

更好的解决方案是与维护人员联系，告诉他们您的问题以及可能的解决方案。只需在此处打开一个问题：https://github.com/ekstroem/MESS/issues。这样可以直接解决问题。

如何在MESS软件包中为auc（）函数设置细分以防止收到错误消息？

1 个答案: