我已经使用终端成功安装了IGV程序,但是一段时间后无论我尝试如何都无法启动它。要实现此目的,需要哪些命令?
sudo apt install IGV
工作正常,命令输出运行平稳。
到目前为止,我已经多次安装它,试图找出问题所在,但是我什么都没得到。
有人可以帮助我吗?
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注意:我建议您在执行以下步骤之前删除先前安装的IGV软件包,以避免冲突。只需执行:
$ sudo apt remove --purge igv
首先,您至少需要安装Java 11(因为与以前的版本不兼容)。
安装默认的JRE / JDK
安装Java的最简单选择是使用Ubuntu附带的版本。默认情况下,Ubuntu 18.04包含Open JDK,它是JRE和JDK的开源变体。
要安装此版本,请先更新软件包索引并升级系统:
$ sudo apt update && apt upgrade
下一步,检查是否已安装Java:
$ java -version
如果当前未未安装 Java,则会看到类似以下的输出:
bash: java: Command not found.
执行以下命令以安装OpenJDK:
$ sudo apt install default-jre
此命令将安装Java Runtime Environment(JRE)。然后,您将能够运行几乎所有的Java软件。
现在使用以下命令验证安装
:$ java -version
您将看到以下输出(版本可能有所不同):
openjdk version "11.0.3" 2019-04-16
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1, mixed mode)
下一步是download IGV并将文件解压缩到您选择的位置(例如到/opt
)。
然后在终端中打开该目录(通过“在终端中打开” )或启动终端并通过cd
命令切换到目录(目录名称可能不同) :
$ cd /opt/IGV_Linux_2.5.0
要启动IGV(从命令行),请执行以下操作:
$ java --module-path=lib -Xmx4g @igv.args --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main
或者,您可以使用igv.sh
目录中的脚本IGV_Linux_2.5.0
启动IGV。您可能必须先输入以下内容以使脚本可执行:
$ sudo chmod a+x igv.sh
注意:与以前的版本相比,Java 11的命令行变得有些复杂。