如何从终端窗口启动IGV

时间:2019-03-24 20:21:52

标签: linux terminal

我已经使用终端成功安装了IGV程序,但是一段时间后无论我尝试如何都无法启动它。要实现此目的,需要哪些命令? sudo apt install IGV工作正常,命令输出运行平稳。

到目前为止,我已经多次安装它,试图找出问题所在,但是我什么都没得到。

有人可以帮助我吗?

1 个答案:

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注意:我建议您在执行以下步骤之前删除先前安装的IGV软件包,以避免冲突。只需执行:

$ sudo apt remove --purge igv

首先,您至少需要安装Java 11(因为与以前的版本不兼容)。

安装默认的JRE / JDK

安装Java的最简单选择是使用Ubuntu附带的版本。默认情况下,Ubuntu 18.04包含Open JDK,它是JRE和JDK的开源变体。

要安装此版本,请先更新软件包索引并升级系统:

$ sudo apt update && apt upgrade

下一步,检查是否已安装Java:

$ java -version

如果当前未未安装 Java,则会看到类似以下的输出:

bash: java: Command not found.

执行以下命令以安装OpenJDK:

$ sudo apt install default-jre

此命令将安装Java Runtime Environment(JRE)。然后,您将能够运行几乎所有的Java软件。

现在使用以下命令验证安装

$ java -version

您将看到以下输出(版本可能有所不同):

openjdk version "11.0.3" 2019-04-16
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1, mixed mode)

下一步是download IGV并将文件解压缩到您选择的位置(例如到/opt)。

然后在终端中打开该目录(通过“在终端中打开” )或启动终端并通过cd命令切换到目录(目录名称可能不同) :

$ cd /opt/IGV_Linux_2.5.0

要启动IGV(从命令行),请执行以下操作:

$ java --module-path=lib -Xmx4g @igv.args --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main

或者,您可以使用igv.sh目录中的脚本IGV_Linux_2.5.0启动IGV。您可能必须先输入以下内容以使脚本可执行:

$ sudo chmod a+x igv.sh

注意:与以前的版本相比,Java 11的命令行变得有些复杂。