Question

我正在使用Pycharm进行Python开发。代码正在Pycharm venv中运行，我想从那里调用bash脚本来激活和停用conda环境（此环境：https://github.com/lykaust15/DeepSimulator）。

据我所知，通过subprocess.call()调用脚本时，我需要停用Pycharm venv。否则我会出错。我该怎么做？

我的电话是：

        result = subprocess.call([deppsim_path, "-i", fasta, "-c", "4",
                              "-C", "1", "-n", "100",
                              "-H", os.path.dirname(deppsim_path),
                              "-o", tmp_path], shell=False)

编辑：

某些错误：

/home/user/path/bin/venv/bin/python /home/user/path/bin/sim_seq.py
Pre-process input genome...
/home/user/path/bin/DeepSimulator/deep_simulator.sh: Zeile 207: deactivate: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
Pre-process input genome done!
Executing the preprocessing step...
Traceback (most recent call last):
  File "/home/user/path/bin/DeepSimulator/util/genome_sampling.py", line 5, in <module>
    import scipy.stats as st
ImportError: No module named scipy.stats

Answer 1

您始终可以使用python可执行文件的完整路径来调用特定的python安装，包括虚拟环境。这就是你的答案。使用要用于运行子流程的实际Python安装中的python二进制文件的完整路径，并且在运行子流程时不会涉及任何虚拟环境。

作为示例，这是我的系统上的两个Python二进制路径：

> which python
/usr/local/bin/python
> venv development
> which python
/Users/stevenjohnson/envs/development/bin/python

所以 / usr / local / bin / python 是我的实际python 2.7安装，而 / Users / stevenjohnson / envs / development / bin / python 是我的“开发”虚拟环境。因此，如果我在虚拟环境中运行主程序，但是如果在子进程调用中调用 / usr / local / bin / python ，则该子进程将使用基本的Python 2.7安装程序运行。

在Pycharm Python virtualenv中使用subprocess.call（）－如何为子流程停用venv

1 个答案: