使用VL格式从Python将字符串列表存储到HDF5数据集

时间:2019-03-21 14:20:52

标签: python hdf5 h5py

我希望下面的代码能工作,但不能。

import h5py
import numpy as np

with h5py.File('file.hdf5','w') as hf:
    dt = h5py.special_dtype(vlen=str)
    feature_names = np.array(['a', 'b', 'c'])
    hf.create_dataset('feature names', data=feature_names, dtype=dt)

我收到错误消息TypeError: No conversion path for dtype: dtype('<U1')。以下代码确实有效,但是使用for循环复制数据对我来说似乎有点笨拙。 是否有更直接的方法?我希望能够将字符串序列直接传递到create_dataset函数中。

import h5py
import numpy as np

with h5py.File('file.hdf5','w') as hf:
    dt = h5py.special_dtype(vlen=str)
    feature_names = np.array(['a', 'b', 'c'])
    ds = hf.create_dataset('feature names', (len(feature_names),), dtype=dt)

    for i in range(len(feature_names)):
        ds[i] = feature_names[i]

注意:我的问题从this answerStoring a list of strings to a HDF5 Dataset from Python,但是我不认为它是该问题的重复。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您几乎做到了,缺少的细节是将dtype传递给np.array

import h5py                                                                                                                                                                                                
import numpy as np            

with h5py.File('file.hdf5','w') as hf: 
     dt = h5py.special_dtype(vlen=str) 
     feature_names = np.array(['a', 'b', 'c'], dtype=dt) 
     hf.create_dataset('feature names', data=feature_names)

PS:对我来说,这似乎是个错误-create_dataset忽略了给定的dtype,并且不将其应用于给定的data