我可以使用Hoomd-Blue轻松测量模拟聚合物的端到端距离吗？

Question

我正在使用 Hoomd-blue （蓝色）来运行一些带有粒子串的模拟。有人知道我是否可以使用更方便的功能来测量聚合物的平均端到端距离，而无需打印[x,y,z]坐标并从头开始编写脚本来计算距离吗？

Answer 1

Hoomd-blue不提供此功能，但可以通过定期转储和gsd文件，然后在帧+原子上循环以计算距离来完成。如果出于某些原因需要使用更现场的方法，则可以使用速度较慢的python callback或用C ++编写插件。