具有嵌套因子的data.frame到igraph气泡图中

Question

我有一个标准data.Frame，其中包含一些分类列和一个数字列。它代表一个嵌套的实验设计（但并不重要），如下所示：

Zip.zip

我想用此代码（左图！）进行相同的图： https://www.r-graph-gallery.com/314-custom-circle-packing-with-several-levels/

我不知道如何将数据框转换为“ igraph”数据。框并继续执行建议绘制的代码（我没有 from 和 to < / em>列）。给定我的示例数据，我想要的输出看起来像右边的图（圆圈大小代表set.seed(1234) data = data.frame(toplevel=c("A","A","A","A", "B", "B", "B"), second = c("A1", "A1", "A2", "A2", "B1", "B1", "B2"), experiments = paste0("exp_00", 1:7), values = runif(7, 1,100)) #### toplevel second experiments values #### 1 A A1 exp_001 12.25664 #### 2 A A1 exp_002 62.60764 #### 3 A A2 exp_003 61.31820 #### 4 A A2 exp_004 62.71456 #### 5 B B1 exp_005 86.23062 #### ... 列）。我尝试使用values

失败

谢谢 编辑：到目前为止，我尝试过的代码（我只有部分图形..？）

graph_from_data_frame

Answer 1

我认为您当前的尝试肯定是正确的。一个可能有用的技巧是添加一个额外的“根”节点，两个顶级节点都连接到该节点。目前，由于您的顶级节点之间根本没有任何连接，因此ggraph只绘制其中的一组：

edges = rbind.data.frame(
    data[,1:2] %>% setNames(c("from", "to")), 
    data[, 2:3] %>% setNames(c("from", "to")),
    data.frame(from = c("root", "root"), to = c("A", "B")))
vertices = bind_rows(
    data.frame(name = "root", values = sum(data$values)),
    data %>% group_by(toplevel) %>% summarize(values=sum(values)) %>% select(name=toplevel, values),
    data %>% group_by(second) %>% summarize(values=sum(values)) %>% select(name=second, values),
    data %>% select(name=experiments, values),
)
mygraph=graph_from_data_frame(edges, directed = TRUE, vertices = vertices)
ggraph(mygraph, layout = 'circlepack',weight="values") + 
    geom_node_circle(aes(fill = depth)) +
    geom_node_label(aes(label = name)) +
    theme_void()