Question

我在一个目录中有32个文件。

每个文件的格式如下-

geneA样本geneB

名称countsAcountsB

我希望剪切前两列并将其粘贴到geneA的32个文件中，而第一列和第三列将插入geneB的文件中。

我尝试的是cut -f1,2 * > *_geneA.txt，其中输出中的*被当作字符。有一种方法可以一次完成吗？

谢谢。

Answer 1

此GNU awk程序（请参阅注释中的@EdMorton的注释）从第一条记录中获取目标文件的字段名称，根据文件名和字段名称创建文件，并将字段附加到该文件中。在下面的示例中，我在文件file1和file2中两次使用了您的示例数据：

$ awk '
FNR==1 {                                # first record of each file
    for(i=2;i<=NF;i++)                  # iterate field names 
        f[i]=$i                         # and hash them to f
}
{                                       # for all records
    for(i=2;i<=NF;i++) {                # iterate all but first field
        file=FILENAME "_" f[i] ".txt"   # form the file name
        print $1,$i > file              # and print to it
    }
}' file1 file2

让我们看看做了什么：

$ ls -rt | tail -n 4 
file1_geneB.txt
file1_geneA.txt
file2_geneB.txt
file2_geneA.txt

让我们看一看：

$ cat file1_geneA.txt
Sample geneA
Name countsA

如何从目录中的所有文件切出列并使用相同的名称制作新文件？

1 个答案: