Question

我编写了一个PHP脚本，可以根据用户输入自动搜索NCBI Pubmed数据库。这是一个非常大的剧本，我不打算把它全部放在这里。但是我无法弄清楚的一个问题是，当我使用esearch（其中一个eutils）搜索Pubmed时，如果使用PHP脚本完成它，那么我得到的结果不同于它的结果。手动完成？

让我举个例子。您可以手动将其输入浏览器窗口：http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=cancer+AND+Nature[jour]&retmode=xml

您将看到它生成一个XML文件，其中Count字段（点击次数）为5986.

但是如果我使用以下PHP脚本：

<?php
$test = simplexml_load_file('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=cancer+AND+Nature[jour]&retmode=xml');
echo $test->Count;
?>

它返回值0.每当修改搜索词以包含附加字段或非标准字段包含多个搜索词时，似乎就会发生这种情况。在这种情况下，它是＆＃34;癌症＆＃34;提出但仅限于期刊＆＃34; Nature＆＃34;，第二个领域的出版物。如果我修改搜索词以便查找癌症和DNA（＆＃39; http：//eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi？db = pubmed＆amp; term = cancer + AND + DNA＆amp; retmode = xml＆＃39;），在同一个字段中有两个不同的搜索词，它在脚本中运行良好。

如果我在一个非标准字段内搜索：（＆＃39; http：//eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi？db = pubmed＆amp; term = Nature [jour ]＆amp; retmode = xml＆＃39;）它工作正常 - 但是如果我然后修改它以在日志字段中包含两个术语（＆＃39; http：//eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils /esearch.fcgi?db=pubmed&term=Science[jour]+OR+Nature[jour]&retmode=xml'）手动和PHP生成的返回之间的差异。

有谁知道为什么会这样？

感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

这有效：

<?php

$result = file_get_contents('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=cancer+AND+Nature[jour]&retmode=xml');
$xml = simplexml_load_string($result);
echo $xml->Count; // = 5986

?>

为什么Pubmed从PHP脚本生成的结果与手动搜索不同？

1 个答案: