setGeneric用于对象列表

Question

我具有以下功能：

myFunction = function(objects,params) {
  for (i in 1:length(objects)) {
     object = objects[[i]]
     object = myOtherFunction(objects, params)
     objects[[i]] = object
  }
 return (objects)
}
#' @rdname myFunction
#' @aliases myFunction
setMethod("myFunction", signature(object ="list"), myFunction)

如何正确设置setMethod()和setGeneric()方法以接受给定类型的对象列表，比如说SingleCellExperiment类型的对象列表？

Answer 1

如果您要编写不同的方法来处理类foo的列表和类bar的列表，则S4将需要一些帮助，因为这两个对象都属于类list，因此，两种情况下都将调用相同的方法。

有几种选择：

• 首先，您是否需要使用列表？不要忘记R中的所有基类型都是向量，因此对于简单的类，如

  setClass("cuboid",slots=list( height="numeric", width="numeric", depth="numeric" )) -> cuboid

如果要表示一组多个长方体，则根本不需要使用列表，只需将值的向量馈送到cuboid。但是，这对于更多奇特的类来说效果不佳。

或者，您可以编写带有一些额外逻辑的list方法来确定要调度的低阶方法。您还应该考虑如果列表包含多个不同类的对象该怎么办。

• 在某些情况下，您可能可以使用lapply或通过...接受任意数量参数的函数。在后一种情况下，您可以使用dotsMethods（有关更多信息，请查看该主题的帮助页面）。

如果您要编写仅在类foo的对象列表上调用的方法，并且可能存在另一个要在列表上操作的方法，则可以：

• 直接为类foo写一个方法，然后使用sapply或lapply而不是在列表上调用函数
• 为类list编写一个方法，该方法检查列表中是否包含foo，如果没有，则调用nextMethod。