Question

我正在使用RGeostats包来计算变异函数，并希望从RGeotats类对象中提取元素。示例如下：

#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Load demo pollution data
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
fn <- 'http://rgeostats.free.fr/doc/Files/Pollution.dat'
dt <- read.table(fn, header = F, na.strings = 'NA')
names(dt) <- c('ID','X','Y','Pb','Zn')

#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Load RGeostats package
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Not on CRAN download zip file from 
# http://rgeostats.free.fr/download.php
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
require(RGeostats)

#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Load data into a Rgeostats database file
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
db <- db.create(dt, flag.grid = F, ndim = 2, autoname = F)
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Define fields to be used as coordinates and variable
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
db <- db.locate(db,'X','x',1)
db <- db.locate(db,'Y','x',2)
db <- db.locate(db,'Zn','z',1)

#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Plot a data map using RGeostats 
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
plot(db, pch = 21, bg = 'red', col = 'black',title = 'Zn')

#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Compute omnidirectional semivariogram for Zn
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Vg.Zn <- vario.calc(db, lag = 1, nlag = 10, calcul = 'vg')
plot(Zn.Vr, npairw = TRUE, npairpt = 1, title = 'Zn Omni')

现在RGeostats中的绘图功能还不太好（或者我打算在程序的帮助文件中找到如何更好地控制输出的信息），所以我决定提取一些字段，以便可以在基准R中绘制图表。vario.calc创建的对象是RGeostats创建的“类”对象，其结构如下：

 str(Vg.Zn)
Formal class 'vario' [package "RGeostats"] with 10 slots
  ..@ calcul   : chr "vg"
  ..@ by.sample: logi FALSE
  ..@ ndim     : int 2
  ..@ nvar     : int 1
  ..@ scale    : num 1
  ..@ means    : num(0) 
  ..@ dates    : num [1:2] -1e+30 1e+30
  ..@ vars     : num 12.9
  ..@ names    : chr "Zn"
  ..@ vardirs  :List of 1
  .. ..$ :Formal class 'vardir' [package "RGeostats"] with 17 slots
  .. .. .. ..@ npas        : num 10
  .. .. .. ..@ npatot      : int 10
  .. .. .. ..@ opt.code    : num 0
  .. .. .. ..@ idate       : int 1
  .. .. .. ..@ pas         : num 1
  .. .. .. ..@ toldis      : num 0.5
  .. .. .. ..@ tolang      : num 90
  .. .. .. ..@ bench       : num 0
  .. .. .. ..@ cylrad      : num 0
  .. .. .. ..@ tolcode     : num 0
  .. .. .. ..@ flag.regular: num 1
  .. .. .. ..@ breaks      : num 0
  .. .. .. ..@ codir       : num [1:2] 1 0
  .. .. .. ..@ size        : int 10
  .. .. .. ..@ sw          : num [1:10] 3 127 187 209 234 233 202 194 218 198
  .. .. .. ..@ hh          : num [1:10] 0.389 1.079 2.039 3.004 4.011 ...
  .. .. .. ..@ gg          : num [1:10] 0.462 9.213 4.667 7.32 5.729 ...

我想将'@'对象'sw'，'hh'和'gg'提取到数据框中。我可以通过执行以下操作来实现：

#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Extract variogram information from this class
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
v <- slot(Vg.Zn,'vardirs')
p <- data.frame(unlist(v[[1]][1][1]))
h <- data.frame(unlist(v[[1]][1][2]))
g <- data.frame(unlist(v[[1]][1][2]))

Vg.Zn2 <- cbind(p,h)
Vg.Zn2 <- cbind(Vg.Zn2,g)

在这里，我使用'slot'函数从类对象中提取列表，然后将所需的子列表子集化。但是，我很想知道如何为这样的类列表更直接地访问（指向）这些子列表，而不是提取列表然后对列表进行子设置。

另外，虽然语法v [[1]] [1]允许我访问'sw'，'hh'和'gg'子列表-我无法计算出语法访问其他项，例如'toldis'或“名称”变量-我对此处的列表结构一无所知

Answer 1

在实现S4对象可以包含另一个作为列表项嵌入的S4对象之后，我发现了以下解决方案。要直接访问，请说语法的'vardirs'插槽的'sw'插槽为：

Vg.Zn@vardirs[[1]]@sw

从R类对象中提取元素

1 个答案: