Question

我有一个for循环，其中嵌套有if，else和elsif语句。 for循环可以正确运行，但是由于某种原因它只能运行一次。我想按顺序计算A，C，G和T，但是我想将它们分为两组-主题组和背景组。主题组计数需要特定于位置，而背景计数则不需要。

这是我的.dna文件中包含的内容（.txt可以正常工作）： AGGCT

这是我到目前为止所拥有的：

use strict;
use warnings;

#Upload sequence
print "Please enter the filename of the first sequence data: ";
my $filename1 = <STDIN>;

#Remove newline from file
chomp $filename1;

#Open the file and ignore comment lines
open (FILE, '<', $filename1) or die "Cannot open $filename1.",$!;
my $dna;
for (<FILE>)
{
    next if /^#/;
    next if /^>/;
    $dna .= $_;
}
close FILE;

#Remove white spaces 
$dna =~ s/[\s\d]//g;
$dna =~ /./g;

#User specifies motif width
print "Please enter the motif width:\n";
my $width = <STDIN>;

#Remove newline from file
chomp $width;
#Omitting code for non-negative widths to keep this shorter

#Initialize counts and arrays for motif positions
my @motA;
my @motC;
my @motG;
my @motT;

#Define length of motif arrays per width
for(0..($width-1))
{
    $motA[$_] = 0;
    $motC[$_] = 0;
    $motG[$_] = 0;
    $motT[$_] = 0;
}

#Initialize background counts
my $bgA = 0;
my $bgC = 0;
my $bgG = 0;
my $bgT = 0;

#Generate random start site in the sequence
#for motif to start from
my $ms = int(rand(((length($dna)+1)-$width)));

#Within a motif, count the bases at the positions
for (my $pos = 0..(length($dna)-1))
{
    my $base = substr($dna, $pos, 1);

    if ($pos = $ms..($ms + $width))
    {
        #Add to motif counts    
        if($base eq 'A')
        {
            $motA[$pos-$ms] = $motA[$pos-$ms] + 1;
        }
        elsif($base eq 'C')
        {
            $motC[$pos-$ms] = $motC[$pos-$ms] + 1;
        }
        elsif($base eq 'G')
        {
            $motG[$pos-$ms] = $motG[$pos-$ms] + 1;
        }
        elsif($base eq 'T')
        {
            $motT[$pos-$ms] = $motT[$pos-$ms] + 1;
        }
    }
    else
    {
        #Create background counts
        if ($base eq 'A')
        {
            $bgA = $bgA + 1;
        }
        elsif ($base eq 'C')
        {
            $bgC = $bgC + 1;
        }
        elsif ($base eq 'G')
        {
            $bgG = $bgG + 1;
        }
        elsif ($base eq 'T')
        {
            $bgT = $bgT + 1;
        }
    }
}
print "A @motA\nC @motC\nG @motG\nT @motT\n\n";

print "bgA = $bgA\n
bgC = $bgC\n
bgG = $bgG\n
bgT = $bgT";

输出看起来像这样：

Please enter the filename of the first sequence data: sample.dna
Please enter the motif width:
3
Argument "" isn't numeric in substr at line 62, <STDIN> line2.
A 0 1 0
C 0 0 0
G 0 0 0
T 0 0 0

bgA = 0
bgC = 0
bgG = 0
bgT = 0

我知道这很可能是因为我的$ dna或$ pos的substr行中包含“”（空字符串？），但是我不确定如何解决此问题。我以为$ pos的初始化可以解决这个问题，所以这就是为什么我想请高手看看该怎么做。我认为这也将解决for循环问题。与往常一样，任何帮助都是有用的。我预先感谢！

Answer 1

此：

for (my $pos = 0..length($dna))
{
    my $base = substr($dna, $pos, 1);

大概应该是0..length($dna)-1吗？

当$ pos为长度时，子字符串将为空字符串。

那不是for循环遍历一个范围的正确语法。应该是

for my $pos (0..length($dna)-1)

此：

if ($pos = $ms..($ms + $width))

如果我正确理解应该是

if ($pos >= $ms && $pos < $ms + $width)

您拥有的是将触发器操作的结果分配给$ pos，

它看起来像这样：

my $ms = int(rand(((length($dna)+1)-$width)));

应该是

my $ms = int(rand(((length($dna))-$width)));

例如如果$ dna的长度为10，宽度为3，则您希望起始偏移量为0到7，而不是0到8。

看起来您在主题中的计数应该使用主题中的位置，而不是$ pos；这个：

            $motA[$pos] = $motA[$pos] + 1;

应该是

            $motA[$pos-$ms] = $motA[$pos-$ms] + 1;

for循环仅在PERL上运行一次，参数“”在substr

1 个答案: