监视Snakemake的RAM和CPU消耗

Question

我想了解一段时间内Snakemake管道的CPU和RAM使用情况。 我在Slurm管理的集群上运行管道。我知道Snakemake 包括基准测试功能，但它们仅报告图片使用情况。 理想情况下，我希望输出文件如下所示：

t  CPU     RAM
1  103.00  32
2  ...     ...

是否有任何程序可以这样做？ 谢谢！

Answer 1

尚不知道有任何程序正在执行此操作，但是您可以通过本机unix指令监视CPU和MEM的使用，this post给出的答案可能符合您的要求。
这是针对此上下文修改的答案的摘要：

您可以使用此bash功能

logsnakemake() { while sleep 1; do  ps -p $1 -o pcpu= -o pmem= ; done; }

您可以通过修改sleep的值来调整记录频率。
要使用pid = 123记录 snakemake 过程，只需在终端中输入：

$ logsnakemake 123 | tee /tmp/pid.log

Answer 2

我在github上发现了Syrupy：一个带有清晰文档的python ps解析器。