Question

我有一个外部定义的模块，其中包含许多方法。我可以使用dir（）作为列表获取所有方法，例如print(dir[Descriptors])，然后获得列表['BalabanJ', 'BertzCT',...]。现在，我想将所有方法应用于值[x1，x2，...]的列表。如果我直接使用Descriptors.BalabanJ(x1)，则可以使用。但是，我想像这样循环进行

from rdkit.Chem import Descriptors
for i in dir[Descriptors]:
    for x in [x1,x2,x3]:
        print(Descriptors.i(x))

，它表示描述符中没有方法i。我该如何实施？

Answer 1

我认为您正在寻找getattr

from rdkit.Chem import Descriptors
for i in dir(Descriptors):
    if callable(i):
        for x in [x1,x2,x3]:
            print(getattr(Descriptors ,i)(x))

Answer 2

我会推荐inspect：

from rdkit.Chem import Descriptors
import inspect

for i in inspect.getmembers(Descriptors, callable):
    for x in [1, 2, 3]:
        print(i[0], i[1](x))  # name of function of Descriptors module, result

Answer 3

您可以使用getattr检索它们

例如

class Bar:
    def __init__(self, foo):
        self.foo = foo

    def p(self):
        print(self.foo)

bar = Bar('hello word')
getattr(bar, 'p')()

请注意，如果没有method i，则会引发值错误，但是您可以设置默认方法

getattr(bar, 'pr', lambda :print('no such method: pr'))()

如果它是类方法，则需要定义类并将其作为参数传递给bar

from rdkit.Chem import Descriptors
for i in dir[Descriptors]:
    for x in [x1,x2,x3]:
        print(getattr(Descriptors, i)(x))

您可以看看getattr() official documentation

Answer 4

为此，RDKit具有MolecularDescriptorCalculator。

from rdkit import Chem
from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors
from rdkit.Chem import Descriptors

descriptors = [d[0] for d in Descriptors._descList]

smiles = ['CCN','CCNC', 'CCN(C)C']

for d in descriptors[:3]: # just the first three descriptors
    print(d)
    calc = MoleculeDescriptors.MolecularDescriptorCalculator([d])
    for s in smiles:
        c = calc.CalcDescriptors(Chem.MolFromSmiles(s))
        print(s, c[0])

输出：

MaxEStateIndex
CCN 4.847222222222222
CCNC 2.9305555555555554
CCN(C)C 2.125
MinEStateIndex
CCN 0.75
CCNC 1.0694444444444444
CCN(C)C 1.1388888888888888
MaxAbsEStateIndex
CCN 4.847222222222222
CCNC 2.9305555555555554
CCN(C)C 2.125

在for循环中使用类方法

4 个答案: