为什么在Unix中的join命令说我的文件没有排序？

Question

我一直在尝试对我拥有的两个文件使用连接，每个文件都在特定列上（fileA为18th，fileB为1rst），它告诉我文件未排序。我确实在这些文件上使用了命令排序，但无法理解发生了什么。

我尝试使用以下命令并获得了相同的结果（即：“文件未排序”）：

join -1 18 -2 1 <(perl -p -e s'/"//'g fileA|sort -k 18) <(sort -k 1 fileB)|less
join -1 18 -2 1 <(perl -p -e s'/"//'g fileA|sort -n -k 18) <(sort -n -k 1 fileB)|less
join -1 18 -2 1 <(perl -p -e s'/"//'g fileA|sort -V -k 18) <(sort -V -k 1 fileB)|less

典型的fileA行如下所示：

chr8    848289  852184  a       0       +       chr8    StringTie       transcript      848290  852184  3895    +       .       gene_id Genome.106729; transcript_id Genome.106729.1; reference_id refGenome_T001.mrna1; ref_gene_id refGenome_T001.path1; ref_gene_name refGenome_T001; cov 342.423218; FPKM 8.291647; TPM 12.997114;       3895

典型的fileB行如下所示：

Genome.106729.1  2078

我了解到文件必须按连接中使用的列进行排序，但似乎无法正常工作。有人可以帮我吗？

最诚挚的问候

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我发现发生了什么事。该命令没问题，只是我没有空间在文件夹中创建文件，而且我的一个文件的开头没有空白行。我认为没有可用空间使它无法在内存中创建任何东西，从而导致了错误。

Answer 1

我发现发生了什么事。该命令没问题，只是我没有空间在文件夹中创建文件，而且我的一个文件的开头没有空白行。我认为没有可用空间使它无法在内存中创建任何东西，从而导致错误。