Question

我试图从multifasta文件中提取位置2到8（microRNA的种子）的序列。为此，我编写了一个小的python脚本。该脚本有效，但是我无法编写输出文件。谁能帮助我或为我指明正确的方向？

谢谢

脚本：

from Bio import SeqIO
for index, record in enumerate(SeqIO.parse("file.fasta","fasta")):
    seed= record.seq[1:8]
    a = (print(">" + record.id + '\n\ + seed)

输出：

>aga-miR-12417-5p
AGUCGUU
>aga-miR-12418-3p
GUUCGAU
>aga-miR-12419-5p
GCUGUUC

Answer 1

如果只需要写入一个简单的纯文本文件，则可以执行以下操作：

from Bio import SeqIO
with open('output_file', 'w') as output:
    for index, record in enumerate(SeqIO.parse("file.fasta","fasta")):
        seed= record.seq[1:8]
        output.writeline(">" + record.id)
        output.writeline(seed)

使用python的子字符串multifasta文件

1 个答案: