Question

我刚刚开始测试Rmarkdown以用于创建数据集的密码本，并且我对使用cache = TRUE时的行为感到非常困惑。我正在使用RStudio 1.1.463运行它。 rmarkdown_1.11，knitr_1.21和tidyverse_1.2.1。

采用以下示例代码，其中包含我感兴趣的一些doc和chunk选项，并附加了我通常使用的所有库（请注意，我在几个地方添加了“ |”以在SO上进行适当的格式化）：< / p>

---
title: "Test"
date: 2019-03-11
output: 
  html_document
---


```{r header, echo= FALSE, include=FALSE, cache = TRUE, warning= FALSE}

attach(mtcars)

require(sf)
require(tidyverse)
require(knitr)
require(summarytools)

opts_chunk$set(echo = FALSE, error = TRUE)

|```

# mtcars dataset heading

## map of car purchases

## cyl variable

```{r} 

kable(descr(cyl))

|```

当我第一次点击RStudio上的“编织”按钮时（没有现有的缓存文件夹），结果是预期的。如果再次点击“编织”，则会发生以下情况：

cyl
kable，descr均抛出“找不到功能”错误

如果显式调用父包/数据框，这些问题将消失。如果cache = FALSE没有问题。

为什么cache = TRUE会触发此行为？对于本代码书，我想到了附加最终数据集，然后为每个变量提供一些摘要的方法。我还想生成几个包含许多变量的sf映射。我想到要处理这样的标题块中的所有内容，然后调用整个文档中的各个位。我应该换个角度吗？

顺便说一句，我不太理解为什么有必要在Rmarkdown文档上显式require(knitr)，因为我认为这是“编织”文档的关键包……如果我删除它，{{ 1}}找不到。

感谢您的帮助！

Answer 1

我相信cache = TRUE试图缓存以块形式创建的R对象。您的第一个块所做的不只是创建对象，还有很多事情：attach和require调用各自都有副作用：修改搜索列表，加载程序包等。这些副作用不会被缓存，但是它们会被缓存需要文档才能工作：由于knitr认为没有理由再次运行该块，因此文档在第二次运行中失败。

通常，当块执行长时间的慢速计算时，会使用cache = TRUE来生成数据集，以便以后进行绘图或汇总，因为随后的运行会跳过计算的慢速部分。

您问为什么需要require(knitr)。严格来说，这不是必需的：您可以改用knitr::opts_chunk。但更重要的是，该想法是R Markdown文档是对独立R会话的描述。是的，您需要knitr来处理它，但是其结果应该与您只是在空会话中单独运行代码一样。（事实并非如此：knitr的块选项和钩子会稍微改变行为，但这是正在发生的事情的便捷的心理模型。）

在RMarkdown中缓存实际上缓存了什么？附件错误

1 个答案: