如何创建具有大数据集的NMDS图?

时间:2019-03-09 13:57:42

标签: r

当前我正在运行以下代码:

nmdsplot=metaMDS(srpdataeg, k=2)

windows()

plot(nmdsplot)

treat=c(rep("Wood",18),rep("Scrub",19),rep("Grass",17))

ordiplot(nmdsplot, type="n")

ordihull(nmdsplot, groups=treat, draw="pentagon", col="grey", Label=F)

orditorp(nmdsplot, display="species", col="blue", air=0.01)

orditorp(nmdsplot, display="sites", cex=0.7, air=0.01)

我以前在每个“处理”的值为5的数据集上使用了此代码,现在我使用的是更大的数据集,而我得到的错误代码为:

Error in pts[gr, , drop = FALSE] : subscript out of bounds

除了错误,我还收到警告消息:

In complete.cases(pts) & !is.na(groups) :
longer object length is not a multiple of shorter object length

第二ordihull行之后

如何解决此问题?

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