Question

请告诉我我是否只是在做错此事...

我有一个47,194行，27列的数字矩阵，但缺少一些值。我正在尝试使用irlba分解矩阵。在以前的所有R项目中，我都使用NA来指示丢失的数据。使用irlba时，出现错误，提示数据丢失。我该如何指示缺少值，并且在对矩阵进行分解时，irlba应该忽略它？

值得注意的是：irlba的文档不包含稀疏数据。每个元素都有一个值。有一些值为零的示例，但是我不能这样做，因为它将把值归零，而不是忽略该值。

根据请求的代码示例：

M = matrix(c(1,2,3,4,NA,6,7,8,9), nrow(3))
S = irlba(M,2)

我希望irlba将NA识别为缺失值并忽略它。而是，它失败并指出M包含缺少的值。我尝试过null，。，空值等。我相信我以前从未见过“忽略此元素”的特殊记法。

Answer 1

我发现不是使用irlba，而是SVDmiss执行相同的功能。给定一个简单的矩阵，例如：

M = matrix(c(1,2,3,4,NA,6,7,8,9), nrow=3)

SVDmiss将为您提供SVD和填写的矩阵：

S = SVDmiss(M)

SVD以$ u，$ d和$ v的形式存储在$ svd中。

S$svd$u
           [,1]        [,2]       [,3]
[1,] -0.4796712  0.77669099  0.4082483
[2,] -0.5723678  0.07568647 -0.8164966
[3,] -0.6650644 -0.62531805  0.4082483
S$svd$d
[1] 1.684810e+01 1.068370e+00 5.039188e-17
S$svd$v
           [,1]       [,2]       [,3]
[1,] -0.2148372 -0.8872307 -0.4082483
[2,] -0.5205874 -0.2496440  0.8164966
[3,] -0.8263375  0.3879428 -0.4082483

我可以通过乘以以下因素来重新创建M： S $ svd $ u％％诊断（S $ svd $ d）％％t（S $ svd $ v） [，1] [，2] [，3] [1，] 1 4 7 [2，] 2 5 8 [3，] 3 6 9

但是，我不需要这样做，因为我的SVDfill还为我提供了$ Xfill中的估算/估算矩阵

S$Xfill
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    4    7
[2,]    2    5    8
[3,]    3    6    9

此功能在SpatioTemporal软件包中。万一您尚未安装软件包，请使用以下命令安装软件包：

install.package('SpatioTemporal')

然后在需要时使用以下命令加载它：

library(SpatioTemporal)

R irlba稀疏数据表示

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