Question

我有成千上万个文件，这些文件是序列名称的列表，后跟它们的序列，每行一个，如下所示：

L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes        CCCTAAGAATAATTTGTT
L.carlosgarini.LJAMM.14070.LagunadelMaule        CCCTAAGAAT-ATTTGTT
L.cf.silvai.DD.038.Sarco                         CCCTAAGAAT-ATTTGTT

我想将它们更改为fasta格式，所以看起来像：

>L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes       
CCCTAAGAATAATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT
>L.carlosgarini.LJAMM.14070.LagunadelMaule
CCCTAAGAAT-ATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT
>L.cf.silvai.DD.038.Sarco
CCCTAAGAAT-ATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT

我在Mac上工作。
谢谢！

Answer 1

使用Perl

perl -pe 's/^/</;s/(\S+)\s+(\S+)/$1\n$2CAGAAAAGATATTTAATTATAT/g ' file

使用您的输入

$ cat damien.txt
L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes        CCCTAAGAATAATTTGTT
L.carlosgarini.LJAMM.14070.LagunadelMaule        CCCTAAGAAT-ATTTGTT
L.cf.silvai.DD.038.Sarco                         CCCTAAGAAT-ATTTGTT

$ perl -pe 's/^/</;s/(\S+)\s+(\S+)/$1\n$2CAGAAAAGATATTTAATTATAT/g ' damien.txt
<L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes
CCCTAAGAATAATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT
<L.carlosgarini.LJAMM.14070.LagunadelMaule
CCCTAAGAAT-ATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT
<L.cf.silvai.DD.038.Sarco
CCCTAAGAAT-ATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT

$

Answer 2

我相信您简化了示例输入，因此与预期输出有所不同。
如果不是这样，并且我的解决方案不起作用，请在我的回答下进行评论以告知我。

因此，使用awk，您可以这样做：

    WebElement element = driver.findElement(By.xpath("Value"));
    Coordinates coordinate = ((Locatable)element).getCoordinates(); 
    coordinate.onPage(); 
    coordinate.inViewPort();

如果要更改位置，请安装GNU gawk，并使用awk -v OFS="\n" '$1=">" $1' file >L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes CCCTAAGAATAATTTGTT >L.carlosgarini.LJAMM.14070.LagunadelMaule CCCTAAGAAT-ATTTGTT >L.cf.silvai.DD.038.Sarco CCCTAAGAAT-ATTTGTT
如果您希望行尾为 Carriages ，请添加/更改为gawk -i inplace ....

但是，您也可以，也许最好使用-v ORS="\r" -v OFS="\r"：

sed

像这样添加sed -e 's/$[^[:space:]]*$[[:space:]]*$[^[:space:]]*$/>\1\n\2/' file：-i''来就地更改文件。

Answer 3

能否请您尝试以下操作（根据您的示例创建和测试，因为我没有Mac对其进行过测试）。

awk '/^L\./{print ">"$1 ORS $2 "CAGAAAAGATATTTAATTATAT"}'  Input_file

输出将如下。如果需要，您也可以通过将> output_file附加到上述命令后，将其添加到output_file。

>L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes
CCCTAAGAATAATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT
>L.carlosgarini.LJAMM.14070.LagunadelMaule
CCCTAAGAAT-ATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT
>L.cf.silvai.DD.038.Sarco
CCCTAAGAAT-ATTTGTTCAGAAAAGATATTTAATTATAT

将序列列表转换为多个文件的Fasta

3 个答案: