我如何标记一个三阶段CCA？

Question

之所以写信给您，是因为我在浪费时间之后，在对规范对应分析（CCA）进行分析之后，试图在三项试验中将数据标记为“站点”。 我的数据库包含比较两个季节（第1季和第2季）以及跨水柱的三个不同层以及9个生物变量和9个非生物变量。从1到28行对应于第一季，从29到49行对应于第二季。在每个季节中，都有来自epi虫，金属and和hypo虫（不同水柱层）的样本。

我的CCA分析代码：

library(ggplot2)
library(vegan)
library(matrixStats)

我的标签

abioticlabel<-cbind(ab[,-(1:9)])

abioticlabel
 Code2 Code
1    Epi    1
2    Epi    1
3    Epi    1
4   Meta    2
5   Meta    2
6   Meta    2
7   Hypo    3
8    Epi    1
9    Epi    1
10   Epi    1
11  Meta    2
12  Meta    2
###……till 49 cells…

我的标签代码

label <- aggregate(abioticlabel[,-(1:10)],list(group=ab$Code2),mean)
label
# group
# 1   Epi
# 2  Hypo
# 3  Meta

CCA代码

spe.cca<-cca(b~.,data=abiotic_data)

因此，当我想创建包含以下内容的Triplot时，我会怀疑：  1.图解A：站点的点（站点为行，n = 49…。）  2.曲线B：变量“ sp”的点。 （我的变量总计为9）  3.图C：定量解释变量的箭头

行程结果：

plot(spe.cca, display=c("sp","lc","cn"), scaling=2, xlab="CCA1 ()", ylab="CCA2 ()")

由于我想更改另一个更具吸引力的地块的三部曲，因此我为每个地块创建一个代码（共3个）。因此，我下载了以下软件包：

library(ggplot2)
library(FactoMineR)
library(factoextra)

（有了这些软件包，一开始我也遇到了一些问题，我不得不将R版本更新为3.5.2）。

“情节A”的步骤是：

留出绘图空间

par(mar=c(4,4,2,2))
 plot(spe.cca, scaling=2, display=c("sp","lc","cn"),type="n", 
+      xlab="CCA1", ylab="CCA2")

图A）“站点”的要点

code5 <- scores(spe.cca, choices=1:2, scaling=2, display="lc")
points(code5, pch=1, cex=1.5)    
mycode<-scale_color_manual(labels,breaks = c("Epi", "Meta", "Hypo"),
                        values=c("white", "grey", "black"))

“ mycode”是因为我对标签代码的想法是这样的：

结果：

由于我没有得到它，所以我尝试了一些代码，按照我附加的链接进行操作，但没有成功：-S。因此，有人可以告诉我我必须在哪里为我的“站点”指定代码吗？

链接

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这是我的R信息会议

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