从python中的分层聚类输出中提取节点和边缘

时间:2019-03-05 04:18:19

标签: nodes cluster-analysis hierarchical dendrogram edges

使用股票的每日价格历史记录,我计算了相关矩阵。

使用下面的代码,我得到一个简单的树状图。但是我想绘制此链接中提到的圆形树状图。 Hierarchical Edge Bundling

对于除普通树以外的其他任何树图,我们都需要节点和边信息。我们如何从scipy代码中提取

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
Z = linkage(corr, 'average')
Z[0]

#Plotting Dendrogram
plt.figure(figsize=(25, 10))
labelsize=20
ticksize=15
plt.title('Hierarchical Clustering Dendrogram for Standard Chartered', fontsize=labelsize)
plt.xlabel('stock', fontsize=labelsize)
plt.ylabel('distance', fontsize=labelsize)
dendrogram(
    Z,
    leaf_rotation=90.,  # rotates the x axis labels
    leaf_font_size=8.,  # font size for the x axis labels
    labels = corr.columns,
)
pylab.yticks(fontsize=ticksize)
pylab.xticks(rotation=-90, fontsize=ticksize)
plt.savefig('img/dendogram_'+index+'.png')
pl

t.show()

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