Question

我对此很陌生，并且意识到已经发布了类似的问题，但是我无法完全弄清他们的需求。我有两个文件。

文件1：

1: Read 1
2: Sequence 1
3: +
4: Quality 1
5: Read 2
6: Sequence 2 
7: +
8: Quality 2
...

文件2：

1: Sequence 1 edited
2: Sequence 2 edited
3: Sequence 3 edited
4: Sequence 4 edited
...

从第一个文件的第2行开始，我需要用第二个文件中的下一个读取行替换每第4行，因此结果如下所示：

1: Read 1
2: Sequence 1 edited
3: +
4: Quality 1
5: Read 2
6: Sequence 2 edited 
7: +
8: Quality 2
...

到目前为止，我一直在使用此代码，该代码似乎有效，但是作为命令速度很慢，而作为shell脚本则很麻烦：

Counter=2
while read p; do echo $Counter; echo $p; 
    sed -i~ "${Counter}s/^.*/$p/" file 1; 
    Counter=$((Counter+4)); done < file 2

我认为我应该可以使用awk做到这一点，但是我不确定如何做到。任何帮助或改进将不胜感激！

Answer 1

假设行号仅用于说明目的，不包含在文件中，请尝试以下操作：

awk 'NR==FNR {line[NR]=$0; next} {if (FNR%4==2) $0=line[++count]; print}' file2 file1

输出：

Read 1
Sequence 1 edited
+
Quality 1
Read 2
Sequence 2 edited
+
Quality 2
...

[说明]

条件NR==FNR仅在读取file2时匹配，并且存储 line中的行按顺序排列。
仅在读取{if ...时才执行以下file1语句。如果file1的行号等于2，模数为4，则该行被数组line的内容替换。

Answer 2

使用awk和粘贴的另一种解决方案

awk ' { print "\n" $0 "\n" "\n" } ' file2.txt | 
     paste - file1.txt | awk -F"\t" ' {x=NR%4==2 ? $1 : $2; print x } '

具有给定的输入

$ cat cmswen1.txt
Read 1
Sequence 1
+
Quality 1
Read 2
Sequence 2
+
Quality 2

$ cat cmswen2.txt
Sequence 1 edited
Sequence 2 edited
Sequence 3 edited
Sequence 4 edited

$ awk ' { print "\n" $0 "\n" "\n" } ' cmswen2.txt | 
     paste - cmswen1.txt | awk -F"\t" ' {x=NR%4==2 ? $1 : $2; print x } '
Read 1
Sequence 1 edited
+
Quality 1
Read 2
Sequence 2 edited
+
Quality 2

Sequence 3 edited



Sequence 4 edited



$

用bash中的另一个文件将一个文件中的第n行替换为下一行

2 个答案: