Question

我的最终目标是在大学的Linux服务器上渲染R Markdown文档，该服务器使用SLURM进行队列管理。但是，使用PNG图形设备会产生错误，而PDF图形设备会提供不适当的输出。

请注意，我有一台Windows计算机，并且正在使用PuTTY与服务器进行通信。已安装Xming，并且PuTTY已启用X11转发。

我跑步时

salloc --ntasks 1 --partition <partition_name>
srun Rscript -e "png('test.png'); plot(1,1); dev.off()"`

没有保存情节，我收到以下警告消息：

1：在png（“ test.png”）中：


无法加载共享对象'/ opt / exp_soft / R- 3.5.2 / lib64 / R / library / grDevices / libs // cairo.so'：     /lib64/libcairo.so.2：未定义符号：FT_Get_Var_Design_Coordinates


2：在png（“ test.png”）中：无法加载cairo DLL

空设备

但是，当我仅删除srun命令并运行

salloc --ntasks 1 --partition <partition_name>
srun Rscript -e "png('test.png'); plot(1,1); dev.off()"`

然后保存文件test.png。另外，输出PDF而不是PNG也会正确生成图（Rscript -e "pdf( 'test.pdf'); plot(1,1); dev.off()"）。

以相同的方式，在开始时使用Rscript -e "('test.Rmd')"而不使用srun渲染Rmd文档将正确地渲染Rmd文档。但是将srun放在开头将不会生成Rmd文档，而只会生成警告消息：

在资源路径中找不到文件test2_files / figure-html / unnamed-chunk-1-1.svg

错误：pandoc文档转换失败，错误代码为99

此外：警告消息：

1：在grDevices :: png（f）中：     无法加载共享库'/opt/exp_soft/R-3.5.2/lib64/R/library/grDevices/libs//cairo.so'：     /lib64/libcairo.so.2：未定义符号：FT_Get_Var_Design_Coordinates

2：在grDevices :: png（f）中：无法加载cairo DLL

3：在（函数（文件名= if（一个文件）“ Rplots.svg”否则“ Rplot％03d.svg”，中：     无法加载cairo DLL

执行停止

运行：错误：srvcnthpc100：任务0：退出，退出代码为1

如果我将dev='pdf'设置为knitr chunk选项，则呈现Rmd文档，但是html文档中的图形非常奇怪，因为它具有滚轮和灰色背景（dev_equals_png_rmd_output ）。

我注意到上面的错误消息“ FT_Get_Var_Design_Coordinates”中的“未定义符号”是FreeType库的一部分。但是，我不确定这可能意味着什么，或者如果它意味着某些事情，我会怎么做。

我重新安装了Cairo R软件包，但这并没有改变错误消息。

由于PNG图像呈现在头节点（即没有srun）上，而不是在服务器节点上（即具有srun）上渲染，所以在我看来通信中有些问题R，SLURM和服务器节点之间，而不是缺少某些文件或程序。

我还认为pandoc会引发错误，因为运行R代码时未生成png图像。

请注意，当使用sbatch而不是srun时，也会产生上述错误（即，代码以批处理方式而不是交互方式运行）。

任何帮助将不胜感激！我对使用Linux很陌生，并且开始喜欢它！

在服务器上运行Rscript -e "sessionInfo()"会产生：

R版本3.5.2（2018-12-20）

平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）

在以下操作系统上运行：CentOS Linux 7（核心）

Matrix产品：默认   BLAS：/usr/lib64/libblas.so.3.4.2   LAPACK：/usr/lib64/liblapack.so.3.4.2

语言环境：

1 LC_CTYPE = zh_CN.UTF-8 LC_NUMERIC = C

[3] LC_TIME = zh_CN.UTF-8 LC_COLLATE = zh_CN.UTF-8

[5] LC_MONETARY = en_US.UTF-8 LC_MESSAGES = en_US.UTF-8

[7] LC_PAPER = zh_CN.UTF-8 LC_NAME = C

[9] LC_ADDRESS = C LC_TELEPHONE = C

[11] LC_MEASUREMENT = zh_CN.UTF-8 LC_IDENTIFICATION = C

附带的基本软件包：   1统计图形grDevices utils数据集方法基础

其他附件包：   1 rmarkdown_1.11

通过名称空间（未附加）加载：   1编译器_3.5.2工具_3.5.2 htmltools_0.3.6 Rcpp_1.0.0   [5] knitr_1.21 xfun_0.5摘要_0.6.18评价_0.13

运行Rscript -e capabilities()时，我得到以下信息：

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       TRUE       FALSE
http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE        TRUE
NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl
TRUE       FALSE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

Answer 1

因此，问题确实出在FreeType上。以前的FreeType库已损坏（不确定确切意义是什么，但这是系统管理员说的话），并且系统管理员已推出更新并固定的FreeType。但是，他偶然地只在测试的头节点和服务器节点上执行了此操作。一旦他更新了整个集群，代码就会按预期运行。直接的PNG图和带有图形的Rmd文档渲染都可以正常工作。

在Linux服务器节点上而不在头节点上时，PNG图像会产生错误

1 个答案: