在运行以下Snakefile之前，文件foo.txt是否已经存在
rule master :
output :
touch('foo.txt')
input : 'task.done'
rule task :
output :
touch('task.done')
shell : 'echo "bar" > foo.txt'
很明显有
Nothing to be done.
和foo.txt的内容保持不变。如果在运行此Snakefile之前文件foo.txt 不存在，它会由rule task使用文本“ bar”创建，但是触摸{{1 }}。甚至有适当的警告
rule master我完全理解发生了什么，但是为什么会这样做吗？为什么Warning: the following output files of rule master were not present when the DAG was created:
{'foo.txt'}
Touching output file foo.txt.
不仅可以在某些情况下“触摸”文件？
好吧，多亏了一个有用的评论，这与touch并没有特别的关系，而是一个关于未跟踪文件的问题（也许应该更改标题），尤其是那些<正如警告中明确提到的那样，创建DAG时em 不存在。例如，如果上面的Snakefile是
touch我现在得到：
rule master :
output : 'foo.txt'
input : 'task.done'
rule task :
output :
touch('task.done')
shell : 'echo "bar" > foo.txt'
这又是完全可以理解的行为：我收到关于文件Warning: the following output files of rule master were not present when the DAG was created:
{'foo.txt'}
Waiting at most 5 seconds for missing files.
MissingOutputException in line 1 of /home/patterson/snaketest/touch-of-death.snake:
Missing files after 5 seconds:
foo.txt
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
的警告，该文件在创建DAG之前不存在，然后等待foo.txt，它不是目标任何规则，所以snakemake看不到它：根据蛇形技术，它在技术上是缺失的。
我同意以上内容是不良设计的一个例子，这是因为我在扮演魔鬼的拥护者，试图了解为什么制蛇如此操作。
那么，为了争辩，让我们说，snakemake可能会注意工作流期间创建的文件---再次，我相信有人可以以某种方式用foo.txt强制这种行为（重新评估DAG），但我也不想这样做-甚至举一个例子，一个人可能真的会因为上面的（错误）设计而严重摔倒自己。< / p>
我意识到，这可能与为什么现在在snakemake中弃用checkpoints文件（支持dynamic）有关，也与python中并发进程的固有局限性有关（参见{{ 3}}），因为蛇终究是用python编写的。
答案 0 :(得分：2)
与OP讨论后，我现在很清楚，具体的问题是为什么snakemake会用一个空文件而不是“ touched”来覆盖foo.txt。这是因为未跟踪“任务”创建的“ foo.txt”文件，因此在执行“主”规则后，该文件将被删除，因为snakemake认为它很旧。然后touch('foo.txt')被评估并创建一个新的空文件。此行为可确保规则的干净执行。
答案 1 :(得分：1)
输出关键字不应包含诸如touch之类的操作，因为这是“ run：”或“ shell：”的含义。输出和输入关键字应仅包含要使用或创建的实际文件。同样在规则“任务”中，您试图将“ task.done”定义为输出，但是您告诉它创建“ foo.txt”。 Snakemake显然会感到困惑并告诉您。
请考虑：
rule master :
input : 'foo.txt'
output : 'task.done'
run:
touch(output[0])
rule task :
output : 'foo.txt'
shell : 'echo "bar" > {output}'
'task'创建foo.txt，如果'task'规则成功，则'master'创建task.done。