Question

注意-我指的是“ table1”函数，而不是“ tableOne”

您可能知道table1软件包通过将一些变量与其他变量进行比较（如抽烟，吸毒等）来将数据汇总到表中。

关于table1函数的很好的指导原则。

https://cran.r-project.org/web/packages/table1/vignettes/table1-examples.html

在上面的链接站点的最下部，您可以看到编写器通过使用技巧在p值列中显示内容，因为该命令未内置在table1中。问题是他的代码没有问题，因为他只处理“ male”和“ female”（2个变量）..而我试图用4个变量来处理它。

我适合它，因此它可以使用我的变量，出现错误并需要帮助

错误

“参数不是数字或逻辑的：不建议在参数x上返回NACalling var（x），这将成为错误。使用'all（duplicated（x）[-1L]）之类的东西来测试常量向量.if（stderr <10 * .Machine $ double.eps * max（abs（mx），abs（my））中的错误）stop（“数据本质上是常数”）：缺少需要TRUE / FALSE的值”

a <- c(0,13.3,14.0,14.7,15.8,999.0)

dat1$RDWquintiles<-cut(dat1$RDW_pre,a,include.lowest = TRUE)

z <- levels(dat1$RDWquintiles)
dat1$RDWquintiles <- factor(dat1$RDWquintiles,levels=c(z,factor("P-value")),labels=c("0,13.3","13.3,14","14,14.7","14.7,15.8","15.8,999","P-values" ))

dat1$RDWquintiles

table(dat1$RDWquintiles)


rndr <- function(x, name, ...) {
    if (length(x) == 0) {
        y <- dat1[[name]]
        s <- rep("", length(render.default(x=y, name=name, ...)))
        if (is.numeric(y)) {
            p <- t.test(y, dat1$RDWquintiles)$p.value
        } else {
            p <- chisq.test(table(y, droplevels(dat1$RDWquintiles)))$p.value
        }
        s[2] <- sub("<", "&lt;", format.pval(p, digits=3, eps=0.001))
        s
    } else {
        render.default(x=x, name=name, ... ,)
    }
}

rndr.strat <- function(label, n, ...) {
    ifelse(n==0, label, render.strat.default(label, n, ...))
}

table1(~ Age + Sex + LOS + Open + adm_PE |RDWquintiles,data=dat1, droplevels=F, render=rndr, render.strat=rndr.strat, overall=F)

Answer 1

您可能需要检查数据。我没有您的数据集，所以我无法重现您的错误。我看到的有4组而不是2组进行比较的唯一问题是，您不能对连续变量使用T检验，您需要选择ANOVA或Kruskal-Wallis等适当的检验来得出P值（通常，则P值取决于所使用的测试；选择适当的测试是一个重要的考虑因素，但不在当前问题的范围之内。

在这里，我改编了vignette中的示例（我不重复整个代码，只重复相关的更改）：

lalonde$age.quartiles <- eqcut(lalonde$age, 4, varlabel="Age")
lalonde$age.quartiles <- factor(lalonde$age.quartiles,
    levels=c(levels(lalonde$age.quartiles), "P-value"))

rndr <- function(x, name, ...) {
    if (length(x) == 0) {
        y <- lalonde[[name]]
        s <- rep("", length(render.default(x=y, name=name, ...)))
        if (is.numeric(y)) {
            p <- kruskal.test(y ~ lalonde$age.quartiles)$p.value
        } else {
            p <- chisq.test(table(y, droplevels(lalonde$age.quartiles)))$p.value
        }
        s[2] <- sub("<", "&lt;", format.pval(p, digits=3, eps=0.001))
        s
    } else {
        render.default(x=x, name=name, ...)
    }
}

table1(~ black + hispan + married + nodegree + re74 + re75 + re78 | age.quartiles,
    data=lalonde, droplevels=F, render=rndr, render.strat=rndr.strat, overall=F)

注意：这不是原始问题的一部分，但是我想我会提到table1软件包包含函数eqcut，该函数可以方便地用于创建相等大小的组，例如三分位数，四分位数等

table1中的P值列-使用table1函数

1 个答案: