用R将距离矩阵转换为聚类表

时间:2019-03-01 12:40:34

标签: r matrix distance

这是树状图,您可以看到有3个簇:

enter image description here

这是对应的距离表:

> round(cophenetic(hclust_avg), digits=3)

           g1    g2    g3    g4    g5    g6    g7    g8    g9   g10
    g2  0.000                                                      
    g3  3.027 3.027                                                
    g4  3.027 3.027 0.000                                          
    g5  0.000 0.000 3.027 3.027                                    
    g6  0.000 0.000 3.027 3.027 0.000                              
    g7  0.000 0.000 3.027 3.027 0.000 0.000                        
    g8  3.027 3.027 2.683 2.683 3.027 3.027 3.027                  
    g9  3.027 3.027 2.683 2.683 3.027 3.027 3.027 0.000            
    g10 0.000 0.000 3.027 3.027 0.000 0.000 0.000 3.027 3.027      
    g11 3.027 3.027 0.000 0.000 3.027 3.027 3.027 2.683 2.683 3.027

我想从中得到一个表,例如:

g1  g2  g3  g4  g5  g6  g7  g8  g9 g10 g11 
1   1   2   2   1   1   1   3   3   1   2 

我将距离= 0的数字值放在同一组中。

感谢您的时间。

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