Question

我想使用pythonic方法替换字符串中的某些字符。

A -> T
C -> G
G -> C
T -> A

示例：

AAATCGATTGAT

将转换为

TTTAGCTAACTA

我做了什么：

def swap(string):
    string = re.sub('A', 'aux', string)
    string = re.sub('T', 'A', string)
    string = re.sub('aux', 'T', string)
    string = re.sub('C', 'aux', string)
    string = re.sub('G', 'C', string)
    string = re.sub('aux', 'G', string)

    return string

效果很好，但是我正在寻找一种更Python化的方法来实现这一目标。

Answer 1

使用具有理解力和str.join的字典：

translateDict = {
  "A" : "T",
  "C" : "G",
  "G" : "C",
  "T" : "A"
}

s1 = "AAATCGATTGAT"
reconstructed = "".join(translateDict.get(s, s) for s in s1)

这里有live example

注意使用dict.get；如果字母不在字典中，我们就照原样进行。

正如@ bravosierra99建议的那样，您也可以简单地使用str.translate：

reconstructed = s1.translate(string.maketrans(translateDict))

Answer 2

这是对当前接受的答案的重构，该答案仅调用一次maketrans。

tt = str.maketrans({"A":"T", "C":"G", "G":"C", "T": "A"})
for s1 in "AGACAT", "TAGGAC", "ACTAGAA":
    print(s1.translate(tt)

也许还指出，您仍然可以将replace中的结果链接起来，尽管这仍然很笨拙且效率低下：

def acgtgca(s1):
    return s1.replace(
        "A", "\ue0fa").replace(
        "G", "\ue0fb").replace(
        "C", "G").replace(
        "T", "A").replace(
        "\ue0fb", "C").replace(
        "\ue0fa", "T")

这避免了使用“ aux”作为特殊标记，以支持Unicode Private Use Area中的两个任意字符。

但同样，maketrans方法既整洁又高效。

替换字符的Python方式

2 个答案: