我想可视化我的bam文件统计信息，并被告知（无指示）使用plot-bamstats。 我使用conda下载了bamstats并尝试查找手册或帮助，但它一直告诉我bamstats不是命令。我用Google搜索plot-bamstats，找到了Github页面和另一个站点，该站点告诉您如何将bamtools安装为Java。 我没有找到关于如何进行简单绘图的任何基本选项或描述，文档对我而言一无所知。 我的直觉是写：
plot-bamstats sortedbamfilename.bam
或bamstats optionforplot sortedbamfilename.bam
两者之间有某种选择？我只是找不到任何可以修改以满足自己需求的代码示例。
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samtools中有一个plot-bamstats。如果这是您需要的，则可以将其与conda一起安装并执行：
conda install -c bioconda samtools gnuplot
samtools stats sortedbamfilename.bam > sortedbamfilename.stats
plot-bamstats -p my_output sortedbamfilename.stats
请考虑在专用环境中安装软件包，而不是在默认环境中安装软件包：
conda create -n my_env
conda activate my_env
conda install -c bioconda samtools