从蛇文件中的命令行获取实际的--cores [N]，-jobs [N]，-j [N]值

Question

如何在蛇文件中访问通过命令行传递给snakemake的所有配置值和相应参数？

例如通过运行：

snakemake -p --use-conda -j 16 --snakefile ../../Snakefile --configfile pipeline-test.config.yaml

我特别希望获得蛇文件中可用内核的数量，以便能够使用该值执行一些计算。

Answer 1

您可以在 snakefile 中使用sys.argv来解析命令行参数。