我从文档中看到Snakemake支持Google Cloud,但是可以将其配置为使用可抢占实例吗?
谢谢。
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据我所知,可抢占实例与标准实例之间的唯一区别在于它们的可用性。 preemptible VM documentation的摘录:
可抢占实例的功能类似于普通实例,但具有 有以下限制:
Compute Engine可能会随时终止可抢占的实例 系统事件。 Compute Engine将终止的概率 系统事件的可抢占实例通常很少,但可能 每天和每个区域的变化取决于当前 条件。
Compute Engine总是终止可抢占的实例 他们运行了24小时之后。某些操作会在24小时内重置 柜台。
可抢占实例是有限的Compute Engine资源,因此 它们可能并不总是可用。
您可以按照snakemake的指南执行Google云。就我个人而言,我几乎完全将可抢占实例(甚至对于Google Kubernetes Engine而言)用于我的snakemake作业。
您的管道是否适合使用可抢占实例取决于其运行时间以及是否由于虚拟机关闭而容忍随机中断。您将必须定期进行监视,以检查VM是否仍在运行,再次启动它并重新启动管道。
另一种处理可抢占性的方法是在再次启动管道时使用--ri
参数运行snakemake(表示重新运行未完成)。另外,如果由于VM关闭而导致管道终止,则在恢复管道之前,您可能必须使用--unlock
运行snakemake。
我不确定是否存在任何基本问题,但是您的问题有点模糊。最好对其进行编辑,并提供有关用例的更多详细信息,打算如何使用可抢占实例以及打算使用哪种配置。在这里,我假设您的意思是在可抢占式设备上运行 snakemake,在这种情况下,它可以像普通机器一样对待(除了它将在24小时内关闭至少一次)。