如何在ggplot2 R中创建反应规范（逐行连接）？

Question

我有以下数据，在这里我想绘制两个时间点（t1，t2）上物种1和2的“值”。我想创建一个绘图，使用geom_points（不同的颜色）可以看到每个物种的原始值。另外，我想使用较大的相同颜色来显示均值。 对于给定的物种，我想将t1和t2的均值（也称为反应范数）联系起来。因此，在此示例中，种类1的线应向上倾斜，种类2的线应保持不变。

我尝试了基本的ggplot2，但是我不知道如何添加行并以更大的尺寸显示均值。同样，由于某种原因，“填充”不会产生不同的颜色。

time <- c("t1","t1","t1","t1","t1","t1","t2","t2","t2","t2","t2","t2")
species <- c(1,1,1,2,2,2,1,1,1,2,2,2)
value <- c(1,2,3,11,12,13,4,5,6,11,12,13)

df <- data.frame(time, species,value)
df$time <- as.factor(df$time)
df$species <- as.factor(df$species)

ggplot(df,aes(x=time, y=value, fill = species)) + 
  theme_bw() + 
  geom_point() + 
  stat_summary(fun.y=mean, position = "dodge") + 
  stat_summary(geom="errorbar", fun.data= mean_cl_boot, width = 0.1, size = 0.2, col = "grey57") + 
  ylab("Fitness") 

Answer 1

如果我按照您的要求进行操作，则应该进行一些适当的调整。基本技巧是在每一层中设置aes。我在每个图层中分别设置了color / group，因为否则我将很难获得显示时间在之间而不是 in 时间的路径。

因此，第一个摘要是组之间的路径。第二个是错误栏；正如我上面提到的，它有颜色，而不是填充。您先前已将颜色设置为aes之外，无论您是否将颜色映射到变量，都将误差线设置为灰色。平均点的大小（4）比常规点（2）大。

library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x = time, y = value)) +
  stat_summary(aes(group = species), fun.y = mean, geom = "path") +
  stat_summary(aes(color = species), fun.data = mean_cl_boot, geom = "errorbar", width = 0.1) +
  stat_summary(aes(color = species), fun.y = mean, geom = "point", size = 4) +
  geom_point(aes(color = species), size = 2)

^{由reprex package（v0.2.1）于2019-02-21创建}

Answer 2

类似

ggplot(df,aes(x=time, y=value, color = species)) + # Change fill to color
  theme_bw() + 
  geom_point() + 
  stat_summary(fun.y=mean, position = "dodge") + 
  stat_summary(
    geom="errorbar", 
    fun.data= mean_cl_boot, 
    width = 0.1, size = 0.2, col = "grey57") + 
  # Lines by species using grouping
  stat_summary(aes(group = species), geom = "line", fun.y = mean) +
  ylab("Fitness")

如果您需要两个错误栏，可以将行摘要的group添加到ggplot外观中。