在UpSetR中，如何在交点上显示小数

Question

我正在为以下数据制作百分比的diagram折图。这是我更复杂的数据的虚拟示例。

  

x <-c（a = 80，b = 9.9，c = 5，'a＆b'= 0.1，'a＆c'= 1.65，'c＆b'= 3.35）   upset（fromExpression（x），order.by =“ freq”）

我希望这些百分比显示为十进制数字，并且所有条形都可见，即使它是0.1％。所有数据在该图中都很重要。

Answer 1

心烦意乱的情节

library(UpSetR)
x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
upset(fromExpression(x), order.by = "freq", show.numbers = 'yes')

您的问题

所以你想要两件事：

• 显示为小数的百分比

• 即使显示为0.1％，也可见条形图

显示为十进制数字的百分比

您可以使用fromExpression将百分比向量转换为计数（整数）。因此，upset的输入就是一个数据帧：

library(UpSetR)
x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
str(fromExpression(x))
#> 'data.frame':    98 obs. of  3 variables:
#>  $ a: num  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
#>  $ b: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
#>  $ c: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

upset在内部从该数据中获取标签，因此在upset内不再存在指向原始百分比的链接。

目前，upset包中的功能UpSetR似乎不支持使用百分比标签或其他自定义标签。

有一个show.numbers参数，但只能显示或不显示那些绝对频率（show.numbers = "yes"或show.numbers = "Yes"）（show.numbers的任何其他值） ），这是其中涉及的代码位：

https://github.com/hms-dbmi/UpSetR/blob/fe2812c8cbe87af18c063dcee9941391c836e7b2/R/MainBar.R#L130-L132

因此，我认为您需要更改这段代码，即geom_text和aes_string，以使用不同的美学映射（您的相对频率）。所以也许请开发者去做？

即使是0.1％的条也可见

好吧，这最终取决于您的y轴动态范围和绘图的大小，即，如果最高的长条比最短的长条大得多，则可能无法在同一图表中看到两者（除非您使y轴不连续。

结论

我了解这并不是解决您问题的方法，但这是一个答案，有望为您指明解决问题的方向。

Answer 2

快速解决此问题的两个事实：

UpSetR非常面向离散的可数对象集。

一种潜在的解决方案是代替使用整个对象来使用分数对象，但是upset()要做的第一件事是检查数据框中的哪些列具有"0"和"1"作为他们唯一的水平。这是硬编码的。如果失败，则startend对象将变为NULL，并且该函数将无法执行任何操作。

UpSetR不能很好地访问其创建的图。

绘制完成后，upset()便没有返回值。这意味着您无法修改绘图对象本身，也无法更改它们在允许传递给upset()的参数之外的绘图方式。

那么，你能做什么？

• 根据实际情节的复杂程度（以及重新绘制的频率），您可以这样做：

x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
upset(fromExpression(x*100), order.by = "freq")

，然后在inkscape / illustrator中进行编辑。 （不好）

• 分叉UpSetR并劫持scale.intersections和scale.sets参数。在Make_main_bar()函数中，您只需将其处理scale_intersections的“百分比”参数的方式更改为Make_size_plot()处理scale_sets的相同参数的方式。然后将变成：

x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
upset(fromExpression(x*100), order.by = "freq",
      scale.intersections="percent", scale.sets="percent")

我本人已将UpSetR分叉用于其他目的，但是该程序包通常需要进行重大的重构，以便可以将其应用于其他用例。作者可能想要阻止在其概念之外使用该概念。