如何在python中找出Nifti文件的通道号?

时间:2019-02-21 08:06:24

标签: python numpy image-processing nibabel

我致力于使用医学图像进行深度学习,并使用nibabel软件包读取python中的.nii文件。我的代码如下所示。

import numpy as np
from pylab import *
import nibabel as nib

img_path=r"C:\\Users\\Umit Kilic\\Komodomyfiles\\umit\\myfile.nii"

nii_obj=nib.load(img_path)
img=nii_obj.get_fdata()
slice1=(img[60,:,:])
slice2=(img[:,80,:])
slice3=(img[:,:,60])

然后,我选择一个切片并希望在图中看到。

figure()
imshow(slice2)
show()

上面的代码段的输出是这样的:Output of code

在那之后,我想应用一些操作,例如:

 slice2[:, :, 0] -= 123.68
 slice2[:, :, 1] -= 116.779
 slice2[:, :, 2] -= 103.939

但是我不能。原因是我运行该代码的原因:

print(slice2.shape)

输出为

(121,121)

通常,应该有第三个参数说明通道数。有两个参数。那么,我的slice2是灰度还是RGB?如何应用上面提到的操作?

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