Question

在python中，我直接调用函数SeqIO.parse（）的代码运行良好：

from Bio import SeqIO
a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
records = list(a)

for asq in SeqIO.parse("a.fasta", "fasta"):
    print("Q")

但是，在这里，我首先将SeqIO.parse（）的输出存储在名为a的变量（？）中，然后尝试在我的循环中使用它，它不会运行：

from Bio import SeqIO
a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
records = list(a)

for asq in a:
    print("Q")

这是因为函数||的输出SeqIO.parse（“ a.fasta”，“ fasta”）||与直接调用时存储在“ a”中的方式不同吗？这里的“ a”的确切身份是什么。它是变量吗？是物体吗？函数实际上返回什么？

Answer 1

SeqIO.parse()返回一个普通的python生成器。 Biopython模块的这一部分是用纯python编写的：

>>> from Bio import SeqIO
>>> a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
>>> type(a)
<class 'generator'>

一旦迭代生成器，就会如您发现的那样耗尽。您不能倒带生成器，但如果不介意将其全部存储在内存中，则可以将内容存储在list或dict中（如果需要随机访问，则很有用）。您可以使用SeqIO.to_dict(a)来存储在字典中，其中记录ID为键，而序列为值。只需重新构建再次调用SeqIO.parse()的生成器，就可以避免将文件内容转储到内存中。

直接在for循环中调用SeqIO.parse（），但是事先单独使用不是吗？为什么？

1 个答案: