我想获得一定比例的pcr检测，并使用以下测试数据集创建一个新列。我只希望在pcr1至pcr6列中为每一行进行检测。我希望忽略其他列。
site sample pcr1 pcr2 pcr3 pcr4 pcr5 pcr6
pond 1 1 1 1 1 0 1 1
pond 1 2 1 1 0 0 1 1
pond 1 3 0 0 1 1 1 1
我希望输出使用比例检测创建一个新列。上面的数据集只是我正在使用的一个小样本。我尝试过：
data$detection.proportion <- rowMeans(subset(testdf, select = c(pcr1, pcr2, pcr3, pcr4, pcr5, pcr6)), na.rm = TRUE)
这适用于这个较小的数据集，但是我尝试了较大的数据集，但它不起作用，并且给出的比例不正确。我正在寻找一种方法来计算从pcr1到pcr6的所有1，然后将它们除以1和0的总数（我知道是6，但是我希望R能够在未输入的情况下予以识别）。
答案 0 :(得分：0)
我找到了一种方法，以防万一其他人需要。我不知道这是否最有效，但对我有用。
data$detection.proportion <- length(subset(testdf, select = c(pcr1, pcr2, pcr3, pcr4, pcr5, pcr6)))
#Calculates the length of pcrs = 6
p.detection <- rowSums(data[,c(-1, -2, -3, -10)] == "1")
#Counts the occurrences of 1 (which is detection) for each row
data$detection.proportion <- p.detection/data$detection.proportion
#Divides the occurrences by the total number of pcrs to find the detected proportion.