Question

我一直在寻找一种在upsetR图中堆积条形图的方法。我下载了电影数据集（来自here），并添加了仅包含两个值“ M”和“ C”的列。下面是有关如何加载数据并添加“ x”列的信息。

编辑：

m <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), 
                           header = T, sep = ";")
nrow(m)
[1] 3883
x<-c(rep("M", 3000), rep("C", 883))
m<-cbind(m, x)  
unique(m$x)
[1] M C

这是数据帧的结构：

str(m)
'data.frame':   3883 obs. of  22 variables:
 $ Name       : Factor w/ 3883 levels "$1,000,000 Duck (1971)",..: 3577 1858 1483 3718 1175 1559 3010 3548 3363 1420 ...
 $ ReleaseDate: int  1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 1995 ...
 $ Action     : int  0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 ...
 $ Adventure  : int  0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 ...
 $ Children   : int  1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 ...
 $ Comedy     : int  1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 ...
 $ Crime      : int  0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 ...
 $ Documentary: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Drama      : int  0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Fantasy    : int  0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Noir       : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Horror     : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Musical    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Mystery    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Romance    : int  0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 ...
 $ SciFi      : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Thriller   : int  0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 ...
 $ War        : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Western    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ AvgRating  : num  4.15 3.2 3.02 2.73 3.01 3.88 3.41 3.01 2.66 3.54 ...
 $ Watches    : int  2077 701 478 170 296 940 458 68 102 888 ...
 $ x          : Factor w/ 2 levels "M","C": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

现在，我尝试实现如下堆积的条形图：

upset(m,
  queries = list(
    list(query = elements, 
         params = list("x", "M"), color = "#e69f00", active = T),
    list(query = elements, 
         params = list("x", "C"), color = "#cc79a7", active = T)))

结果如下：

如您所见，比例是错误的，因为在每个栏中应该只有两种颜色（因数）“ M”或“ C”。正如here指出的那样，这个问题似乎也不是一件小事。有谁知道如何在UpsetR中实现这一点？非常感谢

Answer 1

这是一种使用堆积条形图创建create变图的方法，但是使用我的ComplexUpset而不是UpSetR：

library(ComplexUpset)
movies = as.data.frame(ggplot2movies::movies)
genres = colnames(movies)[18:24]

# for simplicity of examples, only use the complete data points
movies[movies$mpaa == '', 'mpaa'] = NA
movies = na.omit(movies)


upset(
    movies,
    genres,
    base_annotations=list(
        'Intersection size'=intersection_size(
            counts=FALSE,
            aes=aes(fill=mpaa)
        )
    ),
    width_ratio=0.1
)

请在documentation中查看更多示例。可以在GitHub上找到安装说明：krassowski/complex-upset（还有UpSetR和其他软件包的比较）。

Answer 2

我遇到了类似的问题，并找到了解决方法：

library("UpSetR")
m <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), 
              header = T, sep = ";")
x<-c(rep("M", 2000), rep("Q", 1000), rep("C", 883))
m<-cbind(m, x)  

upset(m,
      queries = list(
        list(query = elements, 
             params = list("x", c("M","Q", "C")), color = "#e69f00", active = T),
        list(query = elements, 
             params = list("x", c("Q","C")), color = "#cc79a7", active = T),
        list(query = elements, 
             params = list("x", "C"), color = grey(0.7), active = T)))

原始示例中的问题是，每个查询分别覆盖总条形并从y=0开始。因此，条的其余黑色部分始终与底部的紫色部分具有完全相同的高度。解决方法是系统地添加对变量可以采用的不同值的组合的查询：

从查询和所有可能值的组合的颜色开始（此处c("M","Q","C")作为params = list()的第二个参数）。
成功省略一个可能的值（例如，第一步中的c("Q","C")）。遗漏的值将由查询的颜色表示，该查询的颜色仍是最后一个（在此示例中为"M"）。
继续添加查询，直到params = list()的第二个参数只剩下一个值。

应该有可能通过编程方式获取更多可能的值并提供一些调色板。但这仍然是一种解决方法，并且可以很好地使用本机来堆叠查询-因此，如果您希望看到此功能，则可以考虑提高respective issue over at the Github repo。

Answer 3

在@dlaehnemann的不错回答下面，但进行了一些修改，以便使用循环以及将所需颜色链接到该循环来创建该列表清单。

m <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header = T, sep = ";")
x<-c(rep("M", 2000), rep("Q", 1000), rep("C", 883))
m<-cbind(m, x)

i<-0
mylist<-list()
vectorUniqueValue <- unique(m$x)
colors = colorRampPalette(c("#332288",'#fdff00','#FF0000',"#CC6677","#88CCEE",'#36870c','#b786d2','#7c3c06',"#DDCC77",'#192194','#52cff4','#4f9c8b',"#4477AA",'#808080'))(length(vectorUniqueValue))
while ( length(vectorUniqueValue)>0 ){
  i<-i+1
  mylist[[i]]<-list(query = elements, params = list("x",as.character(vectorUniqueValue)), color = colors[i], active = T)
  vectorUniqueValue<-vectorUniqueValue[-1]
}
upset(m, queries = mylist)

希望这会有所帮助，直到有一天某人可以在github上解决这个问题！

UpSetR

3 个答案: