如何制作图表以比较rpkm值

Question

我在分析RNA-Seq数据方面有丰富的经验，但是我正在寻找可视化数据的新方法。我通常使用热图和火山图，但是我想 make this plot来自 paper.，我可以在进行DEG分析之前使用rlog转换后的数据制作这种类型的图，但是我想给它上色基于具有统计学意义的表达差异的点。

我已经在线搜索，但找不到一种创建此图的好方法。预先感谢您的任何建议。

Answer 1

这个问题更多地与生物信息学有关，因此最好将其发布在biostar上。

在任何情况下，也许您都可以使用“ ggscatter”或“ ggplot2”软件包绘制散点图，并使用if else语句为统计上显着的基因着色。 请提供您的数据样本。