Question

简短说明：

我需要基于文件名来收集输入文件，而无需使用expand()，我正在尝试根据以下代码创建自定义函数，但是它不起作用。

详细解释：

我有以下python代码与我需要做的非常相似，但是需要一些修复和调整才能适应snakemake：

import glob
import pandas as pd
import os

samples = pd.read_csv('samples.tsv', sep='\t', dtype=str).set_index(["flowcell", "sample", "lane"], drop=False)
samples.index = samples.index.set_levels([i.astype(str) for i in samples.index.levels])  # enforce str in index

filename = pd.Series(samples['sample']).unique()
rgs = sorted(glob.glob(os.path.join('Outputs/MergeBamAlignment/%s*.bam' % filename)))
print(rgs)

我使用了这个tsv文件：

flowcell    sample  library lane    R1  R2
FlowCellX   SAMPLE1 libZ    L001    fastq/Sample1.R1.fastq.gz   fastq/Sample1.R2.fastq.gz
FlowCellX   SAMPLE1 libZ    L002    fastq/Sample1.R1.fastq.gz   fastq/Sample1.R2.fastq.gz
FlowCellX   SAMPLE1 libY    L003    fastq/Sample1.R1.fastq.gz   fastq/Sample1.R2.fastq.gz
FlowCellY   SAMPLE2 libY    L003    fastq/Sample2.R1.fastq.gz   fastq/Sample2.R2.fastq.gz
FlowCellX   SAMPLE2 libY    L003    fastq/Sample2.R1.fastq.gz   fastq/Sample2.R2.fastq.gz

当我运行代码时，我得到以下输出：

['Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE1_L001_FlowCellX.merged.bam', 'Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE1_L002_FlowCellX.merged.bam', 'Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE1_L003_FlowCellX.merged.bam', 'Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE2_L003_FlowCellX.merged.bam', 'Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE2_L003_FlowCellY.merged.bam']

我认为这是错误的，它应该（可能）是这样的：

['Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE1_L001_FlowCellX.merged.bam', 'Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE1_L002_FlowCellX.merged.bam', 'Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE1_L003_FlowCellX.merged.bam']
['Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE2_L003_FlowCellX.merged.bam', 'Outputs/MergeBamAlignment/SAMPLE2_L003_FlowCellY.merged.bam']

我可以使用此for循环产生正确的输出：

for s in pd.Series(samples['sample']).unique():
    filename = glob.glob(os.path.join('Outputs/MergeBamAlignment/%s*.bam' % s))
    print filename

但是我知道python函数不允许for循环，所以这是不可能的。

那么如何在不使用expand()函数而是使用自定义函数的情况下，用每个样本的输入文件生成列表（？）？ expand()之所以成为不可能，是因为my previous question的答案违反了先前的规则，因为{{sample}}似乎在先前规则的{{1}中使zip陷入混乱}功能。

任何建议将不胜感激。

如何使它成为输入文件的功能？

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