Question

我已经安装了这些：

conda install -c conda-forge nipype
conda install -c conda-forge nitime
conda install -c conda-forge nibabel 
conda install -c conda-forge nilearn

示例代码：

from nipype.interfaces import fsl
import os
import numpy as np
import nitime
from nitime.timeseries import TimeSeries
from nitime.analysis import CorrelationAnalyzer, CoherenceAnalyzer
from nitime.utils import percent_change
import nibabel as nib
import nilearn
from nilearn import datasets, input_data
from nilearn.connectome import ConnectivityMeasure


m = fsl.Merge()
m.inputs.in_files = volumes
...
m.run()

出现错误：

OSError：在主机上找不到命令“ fslmerge”。请检查是否已安装相应的软件包。

你能帮我吗？

Answer 1

我只是遇到了同样的问题，这使我陷入了一个多小时的困境。我意识到python中的fsl.Merge命令仅环绕fsl命令：fslmerge。因此，需要在执行python脚本之前加载最新版本的fsl。应该很容易解决：

module purge ; module load anaconda/2.7-4.3.1 fsl/6.0.1
source ~/Settings/MyCondaEnv.sh
conda activate local

python ~FSLMERGE.py

找不到fsl.Merge（）命令（通过nipype.interfaces使用时）

1 个答案: