两个因子列与一个公共列的R相关性(每个因子)

时间:2019-02-13 12:20:03

标签: r

我有两个看起来像这样的数据帧(1)

GeneID  OTU B_F
Zm00001d002422  OTU_3525    B
Zm00001d008299  OTU_3525    B
Zm00001d008956  OTU_3525    B
Zm00001d021674  OTU_8672    B
Zm00001d025402  OTU_8672    B
Zm00001d003553  OTU_211 B
Zm00001d004592  OTU_211 B
Zm00001d004721  OTU_211 B

和(2)

GeneID  OTU B_F
Zm00001d002422  OTU_29  F
Zm00001d003793  OTU_29  F
Zm00001d004162  OTU_29  F
Zm00001d019227  OTU_867 F
Zm00001d023804  OTU_867 F
Zm00001d024027  OTU_867 F
Zm00001d008305  OTU_87  F
Zm00001d011642  OTU_87  F
Zm00001d013177  OTU_87  F
Zm00001d003553  OTU_87  F

唯一的区别是(1)是B(2)是F,并且OTU名称不同。 实际文件要长得多。

一些geneID在表之间重叠。

我想获取表(1)和表(2)的OTU之间的相关值,所以结果相关矩阵应该是这样的:

P-val   OTU_3525    OTU_8672    OTU_211
OTU_29  0.03    1   1
OTU_867 1   1   1
OTU_87  1   1   0.04

Corr. coeff OTU_3525    OTU_8672    OTU_211
OTU_29  0.3 0   0
OTU_867 1   0   0
OTU_87  0   0   0.2

R中有一种方法可以执行此计算吗?

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