扭矩簇上R Bioconductor SVA软件包的ComBat（）函数的OpenBLAS问题

Question

我在R中的Bioconductor的ComBat() function软件包中的SVA有问题。

在我的笔记本电脑上（运行Linux Ubuntu 18的Latitude 5590 系统），效果很好。 但是，如果我在TORQUE集群上运行它，则对ComBat（）的调用 函数会生成一个无限的等待循环：

  

“ ComBat（）”找到25个批次

     

注意：一批只有一个样品，设置均值。only= TRUE

     

调整0个协变量或协变量水平

     

跨基因标准化数据

     

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：临时资源   不可用

     

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大903725

     

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：临时资源   不可用

     

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大903725

     

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：临时资源   不可用

     

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大903725

     

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：临时资源   不可用

     

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大903725

     

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：临时资源   不可用

     

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大903725

     

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：临时资源   不可用

您知道我该如何解决吗？

我在线检查过，有些人已经有了that problem，它与Python有关。 这听起来很奇怪：如果是Python问题，为什么它会显示在R中？

谢谢

Answer 1

我的一个同事（在StackOverflow之外）帮助了我，并找到了解决方案。

我需要在R脚本中插入以下命令：

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

就是这样。