Question

我正在尝试从netcdf文件中提取某些变量。如果将其应用于单个文件，则以下代码有效：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc

另请参阅问题：Hyperslab of a 4D netcdf variable using ncks以获取解释。现在，我想在具有以下名称的几个.nc文件上使用此代码：

20091208000001.nc
20091208000002.nc
20091208000003.nc

我尝试了以下循环：

# !bin/bash
for ((x=1;x<=3;x+=1))
do
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc
done

我收到错误

ncks: ERROR received 4 filenames; need no more than two

如何让循环一次仅从一个文件中提取，然后将所有文件中提取的输出附加到单个输出文件中？

Answer 1

我相信ni_u,234,235,1一词被误认为另一个文件名。在此之前，您需要另外一个-d。

如果要处理多个nc文件，则可能要重命名testU.nc以便它们不重叠，或者可以使用ncrcat合并为一个文件。例如

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152,1 -d ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000?.nc testU.nc

Answer 2

我在您的脚本中看到几个错误，但是没有什么可能导致您的实际错误。

shebang行不应包含空格，并且路径应是绝对的

在for条件下，逗号应该是分号

#!/bin/bash

for ((x=1;x<=3;x+=1))
do
    ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc
done

当我在要运行的命令前加上echo时，会得到以下结果：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000002.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000003.nc testU.nc

三个调用，每个调用一个文件。该代码正在工作。好像还有其他东西。您是在简化代码还是向我们显示完整代码？

Answer 3

@Packard在这两个方面都是正确的。此外，默认的跨度为1，因此不需要。因此

ncrcat -C -F -d nj_u，151,152 -d ni_u，234,235 -v vel_u 2009120800000 $ {x} .nc testU $ {x} .nc

Answer 4

我根据想要的尺寸（纬度，经度）编辑了上面的代码

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152,1 -d ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000?.nc testU.nc

反馈是这样的：

提示：如果操作失败，请尝试多步骤（http://nco.sf.net/nco.html#msa）包装的尺寸先使用ncks，然后将ncrcat应用于生成的文件

在for循环中使用ncks从几个netcdf文件中提取数据

4 个答案: