如何使用5个“ csANNO”元素对S4列表进行子集化

时间:2019-02-06 13:12:30

标签: list subset s4

我想基于$ width> 4000来对peakAnnoList进行子集/过滤,似乎对于S4列表来说它并不是那么容易,因为它包含了许多复杂元素,包括Granges和IRanges对象。这是生成peakAnnoList的代码:

## loading packages
library(ChIPseeker)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
library(clusterProfiler)

files <- getSampleFiles()
peakAnnoList <- lapply(files, annotatePeak, TxDb=txdb,
                       tssRegion=c(-3000, 3000), verbose=FALSE)

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