我想基于$ width> 4000来对peakAnnoList进行子集/过滤,似乎对于S4列表来说它并不是那么容易,因为它包含了许多复杂元素,包括Granges和IRanges对象。这是生成peakAnnoList的代码:
## loading packages
library(ChIPseeker)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
library(clusterProfiler)
files <- getSampleFiles()
peakAnnoList <- lapply(files, annotatePeak, TxDb=txdb,
tssRegion=c(-3000, 3000), verbose=FALSE)