我有一个相关矩阵,我想找到密集连接的网络,即所有元素都高度相关的位置(使用阈值,例如:abs(correlation_value)> 0.75)。如何使用R处理呢?
corr_mat <- rcorr(gen_mat), type="spearman")
corr_mat[lower.tri(corr_mat, diag=FALSE)] <- 0
corr_mat <- read.table(textConnection(
"g1 g2 g3 g4 g5 g6 g7
g1 0.0 0.75 0.8 0.2 0.1 -0.3 0.76
g2 0.0 0.0 0.91 0.47 0.39 -0.18 0.74
g3 0.0 0.0 0.0 -0.75 0.8 0.2 0.72
g4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.4 0.1
g5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.39
g6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16
g7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
"))
corr_mat
g1 g2 g3 g4 g5 g6 g7
g1 0 0.75 0.80 0.20 0.10 -0.30 0.76
g2 0 0.00 0.91 0.47 0.39 -0.18 0.74
g3 0 0.00 0.00 -0.75 0.80 0.20 0.72
g4 0 0.00 0.00 0.00 0.11 0.40 0.10
g5 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.90 0.39
g6 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16
g7 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
注意:这只是一个示例。我一直在处理更大的矩阵。