如何找到密集连接的网络,即所有元素之间高度相关的位置?

时间:2019-02-06 11:22:14

标签: r networking

我有一个相关矩阵,我想找到密集连接的网络,即所有元素都高度相关的位置(使用阈值,例如:abs(correlation_value)> 0.75)。如何使用R处理呢?

corr_mat <- rcorr(gen_mat), type="spearman")
corr_mat[lower.tri(corr_mat, diag=FALSE)] <- 0

corr_mat <- read.table(textConnection(
"g1   g2 g3 g4 g5 g6 g7
g1 0.0  0.75 0.8 0.2 0.1 -0.3 0.76
g2 0.0  0.0 0.91 0.47 0.39 -0.18 0.74
g3 0.0  0.0 0.0 -0.75 0.8 0.2 0.72
g4 0.0  0.0 0.0 0.0 0.11 0.4 0.1
g5 0.0  0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.39
g6 0.0  0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16
g7 0.0  0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
"))

corr_mat 
       g1   g2   g3    g4   g5    g6    g7
    g1  0 0.75 0.80  0.20 0.10 -0.30  0.76
    g2  0 0.00 0.91  0.47 0.39 -0.18  0.74
    g3  0 0.00 0.00 -0.75 0.80  0.20  0.72
    g4  0 0.00 0.00  0.00 0.11  0.40  0.10
    g5  0 0.00 0.00  0.00 0.00  0.90  0.39
    g6  0 0.00 0.00  0.00 0.00  0.00  0.16
    g7  0 0.00 0.00  0.00 0.00  0.00  0.00

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注意:这只是一个示例。我一直在处理更大的矩阵。

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