Question

似乎R Markdown并不是要从调用脚本的脚本中“馈入”任何数据。我有一个自动脚本，该脚本基于节，员工和日期创建文件夹树。脚本创建输出时，会将它们放置在此文件夹结构中。然后，我调用Rmarkdown渲染结果的pdf。最后，脚本通过电子邮件将pdf发送出去。

我可以在Rstudio中完成这项工作，但不能通过命令行。（该脚本会根据需要由监视脚本自动调用，因此它将不会在Rstudio中运行。）

home_dir <- "/home/pc/program"
runpath <- "/home/pc/program/section/employee/2019-02-05"
run <- 1

#R script
save.image()
rmarkdown::render(paste0(home_dir,"/report_1.Rmd"),
                output_file =  paste0("Run_",run,"_","Report.pdf"), 
                output_dir = runpath)



#report_1.Rmd
```{r setup, include=FALSE}
load("/.RData")
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

这在RStudio中通过保存工作区，然后将其加载到RMarkdown环境中而起作用，这样我的所有数据都可以放置在报告模板中。

但是，当您在命令行中运行此命令时，它找不到.RData文件。 RMarkdown只知道在它所在的目录中搜索。（在这种情况下为/ home / pc / program）

从R片段中调用环境或目录结构时，是否仍要将环境或目录结构传递给RMarkdown文件？

使用Rmarkdown在生成的文件夹结构中生成自动报告

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