Question

我具有重新萌发的平均发芽数据（每组3个重复，每个n = 50种子），以适合R包DRC中的事件时间模型（Ritz等人，2013）。我的一些计数变为负数，这就是为什么当我尝试使用drm函数时出现错误。为什么计数为负数，这是我的drm错误背后的问题吗？

使用浮萍数据集似乎可以正常工作。

library(drc)

# Data
time<-c(6, 19, 33, 47, 62, 75, 89)
count<-c(0, 1.66, 3.33, 1.33, 0, 0, 0)
data<-data.frame(time, count)

#From Ritz (2013)
germ <- data.frame(start = c(0, data$time), end = c(data$time, Inf)) 
germ$count <- c(0, diff(data$count), 50 - tail(data$count, 1))
head(germ)
tail(germ)

## Fitting the event-time model (by specifying the argument type explicitly)
germ.m1 <- drm(count~start+end, data = germ, fct = LL.3(), type = "event")
summary(germ.m1)

我希望所有计数都是正数，但有几个是负数。非常感谢您的协助！

Answer 1

我不知道问题所在，但是我确实找到了一个简单的解决方案（也许还很笨拙）。

# Same as in question
germ <- data.frame(start = c(0, data$time), end = c(data$time, Inf))

# Substitute for germ$count from question
cnt <- c(data$count) # cnt = count
rem<-50-sum(data$count) # 50 = number of seeds sown; 
                        # rem = remainder(# of seeds that did not germinate)
germ$count<-c(cnt, rem)

通过这种解决方法，计数结果全部为正，并且模型已拟合！！

重新安排数据以拟合事件时间模型时出错

1 个答案: