Question

我是Python的新手，希望从电子显微镜（.tif）图像中提取比例信息。

当我在记事本中打开文件并滚动到底部时，我看到一个标题“ [Scan]”及其下的一个项目“ PixelWidth = 3.10059e-010”。

我想在Python中读取此值，并将其用作测量图像内物理距离的校准因子。

我发现了使用PIL（https://stackoverflow.com/a/46910779/10244370）的一种有前途的方法，但是在运行推荐的代码时遇到错误。

from PIL import Image
from PIL.TiffTags import TAGS

with Image.open(imagetoanalyze) as img:
    meta_dict = {TAGS[key] : img.tag[key] for key in img.tag.iterkeys()}

我希望这会创建一个对象“ meta_dict”，其中包含诸如“ PixelWidth”之类的字符串，并像“ 3.10059e-010”那样浮动。

相反，我看到了：

Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-62-4ea0187b2b49>", line 2, in <module>
    meta_dict = {TAGS[key] : img.tag[key] for key in img.tag.iterkeys()}

  File "<ipython-input-62-4ea0187b2b49>", line 2, in <dictcomp>
    meta_dict = {TAGS[key] : img.tag[key] for key in img.tag.iterkeys()}

KeyError: 34682

很明显，我做错了什么。任何帮助将不胜感激。谢谢！

Answer 1

您的文件可能是FEI SEM TIFF，它在TIFF标签34682中包含类似INI的元数据。

尝试使用tifffile：

import tifffile
with tifffile.TiffFile('FEI_SEM.tif') as tif:
    print(tif.fei_metadata['Scan']['PixelWidth'])

Answer 2

使用PIL，我认为使用for循环设置字典，然后打印所需结果会更清楚。

from PIL import Image
from PIL.TiffTags import TAGS


with Image.open(imagetoanalyze) as img:
    meta_dict = {}
    for key in img.tag:      # don't really need iterkeys in this context
        meta_dict[TAGS.get(key,'missing')] = img.tag[key]

# Now you can print your desired unit:

print meta_dict["PixelWidth"]

如果您只需要一个值，还可以使用以下方法查找PixelWidth标签的编号：

for k in img.tag:
     print k,TAGS.get(k,'missing')

然后仅打印img.tag[<thatnumber>]而不填充字典。

使用PIL TiffTag从.tif图像元数据中提取比例尺

2 个答案: